新竹市調查站調查官余正煌，對林智堅提告違反著作權，認為對方抄襲論文，林智堅事後不只被撤銷學位，還退出市長選舉，現在卻爆出疑似秋後算帳，余正煌稱考績被打乙等、調內勤，對此調查局回應余正煌的考績是甲等，而調內勤屬於正常輪替，並非針對個人。
余正煌委任律師張祐齊(111.9.29)：「林智堅先生，至今也沒有這個承認他是抄襲的，那所以我們只能以法律上面，做一個提告以保障余正煌先生的權利。」
新竹市調查站調查官余正煌指控林智堅論文抄襲甚至到法院提告，告林智堅違反著作權法，林智堅在台大國發所的碩士論文事後被認定抄襲台大撤銷碩士學位，只是余正煌積極捍衛個人論文的行動再加上林智堅退出大選一連串的行為，曾讓余正煌自己在臉書發文感嘆疑似被針對，寫下「黨，聯合公司要攻我嗎？」「要戰就來」。
記者蘇珮語：「林智堅案鬧得沸沸揚揚，余正煌甚至被傳出考績遭打乙等還被調到內勤，不過對此調查局回應，他的考績一直都是甲等，而調到內勤也是正常輪調。」
余正煌在新竹市調查站擔任外勤調查官，不過卻被調內勤，調查局表示2月1日調動就會生效，但也強調是內部正常調動因為新竹市調查站裡一共有八位調查官內外勤輪調並非針對余正煌。
律師張祐齊：「我有問過余先生，那他表示這個是工作上面機關的權責，那他予以尊重。」
學長學弟在法庭對簿公堂，如今案件還在審理中，只是調職發生在敏感時刻也不免讓外界引發更多聯想。
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