新流感疫情H1N1不斷升溫，輿論和在野黨不斷呼籲馬總統召開國安會議，啟動國安機制！所謂啟動國安機制，是指當國家面臨緊急危難，急需拉高層級，總統在特殊情境下，必須召開國家安全會議，統一事權，直接決策．下午馬總統就在府內，就召集公衛系統的專家學者，還有政院體系部會首長，連國安會秘書蘇起，府書長詹春柏也參與；不過，馬總統堅持這是一場防疫的諮詢會議，要不要召開國安會議，馬總統說時機未到。
H1N1防疫諮詢會議3點開始，副總統蕭萬長先抵達；行政院副院長邱正雄，代替救災的劉院長來；前後任衛生署長詹啟賢陳建仁，力主召開國安會議的前疾管局長蘇益仁等，火速進府，提供疫情建言給馬總統，一同出席的，還有總統府秘書長詹春柏，國安會秘書長蘇起．對新流感開戰，該到都到了，形式規模就像國安會議，但是府方用字是諮詢會議。
總統馬英九：「也許時機未到，立刻啟動國安機制，或是召開相關會議，但是我們的準備，很早開始就是全國性的，需不需要適當時候，啟動國安機制，甚至於需不需要發布緊急命令，任何一個作為，都要有非常審慎的評估。」
總統啟動國安機制，其實有憲政層次的法源依據，在憲法增修條文裡，總統為了決定國家安全有關大政方針，可以召開國家安全會議。
這時候，總統由原本管轄國防、外交兩岸事務；擴大召集國安會，統籌所有和疫情相關的中央部會機關，直接下達決策。像是李前總統在921大地震時，還有台灣面臨SARS期間，陳前總統也都召開過國安會！八八水災，馬總統堅持不需要發布緊急命令，接下來引爆的H1N1疫情，會不會啟動國安機制，馬總統還有考量。
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