驗票驗了3天，許多地方卻爆出有幽靈選票，高雄市第506投開票所投票數比查驗的總票數多了50張，國民黨質疑，這50張是有人作票灌水，另外，南投也出現同樣情況，多出14張幽靈選票。
看板上，這907，是高雄第506投開票所選務人員，是在320投票當天統計的領票總人數，但是驗票人員查驗時，卻只驗到了857張選票，而且藍綠法院三造都確定只有857張選票，並沒有短少。
那麼怎麼會領票總數比投票總數還多50人？藍軍立委提出質疑。國民黨立委林郁芳：「一個投開票所就有50張被灌水，這50張票怎麼回事？是有人去盜領冒領，然後把它投進去50張票，一個投開票所的比率相當大，相當驚人。」
而幽靈選票不只出現在高雄，南投第19號投開票所也發生登記的投票總票數，比查驗的總票數多了14張票的情況。國親律師代表：「領取的人共1110人，投出1124張，除非有更合理的方法去解釋這14張從哪裡冒出來？否則我們認為有作票嫌疑。」
被藍軍影射灌水作票，綠營立刻做出回應，表示應該是總統大選和公投選舉人名冊誤用的結果。綠營律師代表：「領公投票的人比總統、副總統的人少一點，有投開票所比較大，差距多到400張，有的投開票所比較小，可能差距只有幾十張，這樣的數據沒有意義，只是名冊弄錯，名冊弄錯，並不是有舞弊的情形。」
既然綠營認為，會出現幽靈選票，問題出在選舉名冊，藍軍立委表示，就應該立即影印選舉名冊，徹底清查。國民黨立委林郁芳：「選舉人名冊如果被影印，讓大家有機會對照的話，潘朵拉的盒子就會被打開。」
藍軍立委表示，高雄南投的幽靈選票只是冰山的一角，他們將會想盡辦法追查是否有人動手腳。
