艾利驚人雨量，從山上沖刷下的土石，造成全省各地河川水濁度大增，影響全台民眾的飲用水，自來水公司表示，目前石門水庫的原水濁度，已經到了幾乎無法淨化的程度，台北桃園92萬戶民眾，供水有問題。
石門水庫洩洪將近3個水庫容量，也把漂流物及泥沙沖刷下來，堵塞取水口，造成下游的大漢溪原水濁度升高，影響板新給水廠、大湳淨水場取水，北桃園含台北縣林口鄉，只有約三分之二用戶可正常供水，南桃園及新竹縣湖口鄉，目前仍全面停水。
相鄰的新竹縣、市，頭前溪濁度也升高，加上取水設備被沖毀，估計10萬用水戶會停水。
大台中地區在七二水災時，受困於原水濁度高，飽受缺水之苦，艾利颱風造成大甲溪水濁度升高，現在只靠豐原給水廠引入濁度較低的食水嵙溪水應急，和鯉魚潭水庫每天供水80萬立方公尺，勉強維持大台中地區正常用水。
不過高雄地區也因為山區豪雨不斷，高屏溪原水濁度狂飆，嚴重影響各淨水場淨水能力，目前高雄市左營以北、高雄縣北區鄉市鎮，管線末端與高地將短暫缺水。
石門水庫濁水機無法淨化：
板新給水廠、大湳淨水場
北桃園、北縣林口共1/3停水
南桃園、新竹湖口全停水
頭前溪濁度升高取水設備沖毀：
新竹縣市10萬戶停水
豐原給水 鯉魚潭水庫
勉強維持大台中正常用水
高屏溪原水濁度狂飆：
大高雄各淨水場難取水
高雄市左營、鼓山、楠梓、三民
高雄縣鳳山、大寮、林園、仁武、大社、梓官、燕巢、鳥松將短暫缺水
