兩蔣日記被蔣家帶到美國胡佛研究館，讓國史館急得跳腳，公開喊話說國史館是管理機關，蔣家人不應該沒有告知，就把日記送到美國去，不過國民黨黨史館反批國史館，如果真的要把帳算清楚，那兩蔣在還沒有擔任總統前的文物，國史館是不是應該要歸還。
兩蔣日記被蔣家送進美國胡佛研究所收藏，意外引爆了國史館跟國民黨黨史館之間的戰火，國史館堅持國史館是法定的總統文物管理機構，但兩蔣日記要入藏胡佛研究所，國史館竟然是看了媒體報導才知道。
國史館館長張炎憲：「去年我們就寫公文去函聯絡。」記者：「但您有直接跟蔣方智怡聯絡上嗎？」國史館館長張炎憲：「沒有！」
國史館覺得被沒被蔣家放在眼裡，但為什麼不移交兩蔣文物移交，國民黨黨史館倒是理直氣壯。國民黨黨史館主任卲銘煌：「不是說配合不配合的問題，是意願的問題，按照法律規定，我們願意才必須配合，我們本身也是保存檔案的機構，我們的歷史比國史館要長耶！」
國民黨黨史館舉出「總統副總統文物管理條例」第四條的規定，私人或團體所有之總統副總統文物，是「得」交由國史館，所以兩蔣在不是總統任期的文物以及日記之類的私人文物，自然是可交，也可以不交，交出去的，甚至還應該要回來。
國民黨黨史館主任卲銘煌：「蔣中正當軍事委員會委員長，也不是國家領袖啊！他只是一個負責軍事化，類似像現在國防部長而已，那這東西怎麼會是總統文物呢！所以主管機關只要求別人，不反省自己，以為那個東西就是蔣中正總統文物，那我們也認為不屬於總統文物的，國史館應該還給蔣家家屬，因為那是硬從家屬手上拿過去的。」
但這樣的說法，國史館反問，蔣家要的是什麼等級的歷史定位。國史館館長張炎憲：「我覺得蔣家要考慮一下，國家當然比黨重要，放在黨史館的歷史地位，跟放在國史館是不一樣的。」
隨著兩蔣日記赴美保存，過去的歷史爭議浮上檯面。
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