北北基如果真的實施，衝擊的不止教材的問題，填志願也會一團亂；位在台北市的國立高中包括師大附中、政大附中，因為歸「教育部」管，不在北北基的分發名單上，對北北基考生來說根本就是「孤兒學校」，就算分數夠也沒法填；甚至有學生擔心學生素質會因此降低。
明星學校誰不想念，但「北北基」共辦基測真的考下去，很可能出現「名校變孤兒校」的窘境；像是歸教育部管的師大附中、政大附中，根本不在分發選項上，北北基考生是「看的到填不到」；真要念，得指望第二次全國基測。
師大附中學生：「幹嘛一定要考第二次，考第二次不一定考的比較好，所以我覺得這個制度不太好，擔心素質會變差。」師大附中學生：「考第二次他們可能去衝刺班讀，就拚死考，這樣運氣成分可能佔比較重。」
學生反彈，校方則表示，教育部怎麼說他們就怎麼做，畢竟師大附中的資源來自教育部，學生卻多半在台北地區選邊站真的太難。
同樣尷尬的，還有政大附中的學生，他們擔心北北基會影響學校的發展力。政大附中學生林偉：「就為了自己的政治立場，影響到學生的後果。」政大附中學生林煒軒：「籌措不到學生，那教育部撥下來的資源，會不會越來越少，讓我們學校品質越來越低。」
中央、地方不同調，犧牲的可是考生的權益。
