馬太鞍溪堰塞湖洪災影響，附近環科園區廚餘處理廠搶災後雖恢復運作，但日處理量由40公噸降至10公噸，現場暫置1000餘桶、約160公噸；環保局表示，短期堆肥處理，最快月底前清除。
花蓮廚餘過去交由民間環保公司送往屏東養豬場去化，但非洲豬瘟疫情發生後，外縣市不再收廚餘，家戶與事業廚餘都送鳳林鎮環保科學園區處理；但馬太鞍溪堰塞湖洪災造成環科園區淤泥堆積，高效處理設備泡水受損，以致廚餘處理被迫停擺，廚餘愈堆愈多。
花蓮縣環保局表示，花蓮家戶與事業廚餘清運量每天40至50公噸，環科廚餘處理廠受災後，10月27日恢復運作，但機組不穩，日處理量降至10公噸，目前現場暫置逾1000桶、約160公噸廚餘；短期規劃破碎脫水後，搭配廠區內堆肥資源化處理，每天處理約50公噸，預估可於月底前處理完目前暫置的量。
中期措施則包括與中華紙漿花蓮廠協調，利用直立式醱酵槽分流處理部分家戶廚餘，每天處理量可增加約5公噸；同時新設2座廚餘快速醱酵處理廠、1座黑水虻生物處理系統，預計4至6個月上線後，日處理量可達50至80公噸。
