台鐵公司化之後，董事長杜微的爭議不斷，先是高層加薪、員工出勤獎金變禮券等，台鐵產業工會再爆料，只董座、總經理等人，以推動台鐵公司化轉型改革業務名義，申請大功一支，產工怒斥，公司化後的維修預算、人力及員工待遇都沒有解決，高層不該記功，而是該記過。
明明上個月才加薪40%，現在又被爆自肥申請一支大功，理由是台鐵公司化推動有功，杜董以督導所屬辦理台鐵公司化，轉型改革業務的名義要記功嘉獎，9/6簽奉董事長准予敘獎，其中第一位就是他自己，獲得1支大功連帶總經理馮輝昇也受惠，其他已經退休的副局長朱來順、陳仕其都記功2支總共176人，但第一線副站長抗議，自己維護旅客安全想提請記獎卻像漫漫長路。
台鐵潮州站副站長邱旻杰：「董事長你爭取你的權益，有些事情的部分需要記大功的話，那像我這樣實際上對旅客安全，有做到貢獻的話，為什麼沒有做一個獎勵。」
台鐵產業工會秘書長朱智宇：「這個已經比肥貓還要不要臉了，肥貓要的可能是一個好的待遇跟酬庸，但是他是面子裡子都要。」
目前台鐵董事長杜微的薪資，年初19萬多，8月再加薪來到26萬7932元，當時就讓基層員工不滿加薪只限高官，明年可能再跟軍公教一起調薪，但根據內部調查，每位員工為台鐵創造的平均收益，一年高達200萬元，但杜董一個人就可以賺走一位台鐵員工一整年的收益創造，針對工會控訴，台鐵公司說沒有回應。
台鐵產業工會秘書長朱智宇：「(記大功後)他可能可以直接進奉一階，增加他的薪水，以及年終(考績)保甲(等)。」
因為依照公務人員的考績法來看，記一支大功考績等於名列甲等，工會批評明明董事長也是從基層做起，怎麼換了位置卻忘了基層同仁，只照顧自己好大喜功。
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