連續五天本土疫情都超過四萬例，10月1日即便是禮拜六，本土還是新增43040例，比上週同一天高出12%，縣市分布當中，依舊是新北最多，本土有8756例，而衛福部長薛瑞元認為，目前維持在高原期，未來一周本土數是上升還是下降，將是觀察重點。
到了假日卻還是四開頭，10月的第一天碰上禮拜六，全台本土新增43040例，新北依舊最多有8756例，台中也破五千例，比上週同一天高出12%，看來疫情沒有往下坡走。
衛福部長薛瑞元：「應該是屬於高原期，是否破五萬，這個還要再加以觀察。」
看看近期疫情趨勢看明顯，原本9月26日一度降到兩萬八千多例，但隔天也就是27日開始的45608例，就一連五天都是，每天四萬多例上下波動，指揮中心認為這是高峰過後，維持的高原期，而多久降下來也成為往後，再開放程度的關鍵。
衛福部長薛瑞元：「有沒有再一波往上，會達到五萬例，或者就開始往下，在接下來這一周，是主要關鍵。」
要關注的還有中重症，10月1日增加48例死亡，227人中重症，高風險群依舊是，指揮中心防疫重點，只是邊境都準備解封，指揮中心成立的必要性，再度掀起討論。
衛福部長薛瑞元：「指揮中心成立之後，有一些不管是指引、命令，還有藥品快篩的EUA，它的條件有一些，是跟指揮中心的存在，是掛在一起的，所以後面還有很多事情要做。」
指揮官王必勝則說，若指揮中心要解散，EUA就會充滿不確定性，有兩種方法解決，可以請廠商盡快申請正式藥證，但若無法申請正式藥證，會請當初申請EUA的單位，定出EUA終止時間，如此一來可和指揮中心脫鉤，指揮中心徹不撤牽涉層面太多，最終還是由行政院決定。
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