受到規模6.8強震影響，台鐵軌道也嚴重受損，花蓮東里車站水泥雨棚還整個坍塌，花蓮到台東路段，全線中斷，台鐵除了連夜搶修，也緊急啟動類火車，接駁花蓮到台東站，交通部長王國材提到，鐵路總共有11處軌道錯區隆起，預計會在25日前處理完，估計全部修復恢復通車，至少要花一個月以上。
花蓮當地居民：「它那個電線桿也還都是歪的，所以應該花東線，可能兩三天之類，都還是沒辦法通車。」
台鐵緊急派員連夜搶修，目前花蓮到台東全線中斷，只能以類火車來接駁，周一一早就有不少民眾來排隊，因為他們得到花蓮或台東上班上課。
花蓮高中學生：「就下午再上課，(下午再上課)早上都請假。」
類火車駕駛：「還要進其他站，大概會多半小時左右。」
記者林莉：「目前台北開往東部的列車，終點站都只有到花蓮，想要到台東的旅客，就得搭公路接駁。」
台鐵開出的類火車，每班開出一台，會視情況加開班次。每天早上6點出發，往台東整點發車，往花蓮則是半點發車，沿途停靠各站一路到晚上8點，直到鐵路搶修完畢。
交通部長王國材：「鐵路部分比較嚴重，鐵路總共有11處軌道挫曲隆起，其中比較嚴重是三座橋樑，包括從北邊的萬榮到玉里到東里，三座橋樑有牽涉到安全課題，所以要經過鑑定，他們現在初步估計，要一個月以上的時間。」
目前台鐵還在搶修中，只是要全線恢復通車至少還要一個月，比較嚴重的東里站、玉里瑞源站、以及萬榮站北側受損比較嚴重，都得等技師會勘後再擬定完成時間。其他軌道嚴重挫曲的路段，像是三民、玉里、富里、池上等等，部長表示會趕在25日完成。但東里到玉里以及東里到東竹段，因為有鋼軌翹起以及挫曲不容易修復，復原時間則會再往後，在台北站也有民眾，一早就趕來更換車票。
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