國民黨立委萬美玲向食藥署索取高端疫苗的資料發現，疫苗交貨量和使用以及庫存總量出現重大落差，有超過78萬劑疫苗不翼而飛。但食藥署的解釋卻前後不一，先說有損.又說有封緘沒驗收，食藥署回應，計算可能有不合格或耗損等情況，收到檢驗量不代表廠商賣給疾管署的疫苗量。
國民黨立委萬美玲：「這到底中間有什麼苦衷還有什麼弊端，我想必須要交代清楚，尤其是當時的指揮官也是陳時中部長，現在自顧自去選舉了留下爛攤子。」
立委質疑食藥署官網公布，去年8月到今年3月，高端疫苗共封緘566.4萬劑，但使用捐贈以及庫存加起來，卻只有488.1萬劑，逾78萬劑憑空消失，食藥署向她表示，疫苗開瓶後打不完報廢，造成統計誤差，再追問為何損毀比例是否過高，食藥署卻說，扣除期效太短和耗損，實際驗收共500萬劑，使用總數約為499萬劑，與驗收量相當。
國民黨立委萬美玲：「它有兩度一直不斷延長效期，已經讓大家很疑惑了，到底過期銷毀，數量有多少也說不清楚。」
根據平面媒體指出，食藥署長吳秀梅回應，生產量通常會大於販售量，不可能賣五百萬劑，就只生產五百萬劑，且食藥署收到檢驗量，不代表廠商賣給疾管署的疫苗量，業者送疫苗申請檢驗，相關用途由業者決定。
食藥署長吳秀梅：「電話語音信箱。」
實際致電食藥署長吳秀梅，沒有接聽，新聞播出前疾管署也尚未回應，但最新財報顯示高端營收，今年上半年只有3.3億，等於單季營收只有1258萬，上半年為止，虧損3.48億元，等於每股虧損2.1元，和去年政府採購時相比，股價只剩下3分之1，專家分析，和高端疫苗海外三期試驗有關。
財經專家翁偉捷：「高端在海外不斷進行，新冠疫苗的實驗，或取得其他海外國家的認證，一直不斷的花錢，所以上半年營收，會較去年下滑一些些。」
高端疫苗在巴拉圭，第三期臨床試驗，完成期中分析解盲，結果顯示，高端對比AZ疫苗效果來的更佳。
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