新竹國立清華大學校友會被爆未經許可設立「清華海峽研究院」，為大陸從事技術研發、攬才及投資等業務，甚至沒向教育部申請，直接透過「自強工業科學基金會」向在清大校內設立辦公室，涉及違反《兩岸人民關係條例》，教育部回應，將依據《兩岸人民關係條例》規定進行裁罰，並要求立即停止其使用、撤離。
清華海峽研究院，在清華大學校內設清華海峽研究院新竹辦公室，疑沒有經過正當程序設計。教育部表示，今年10月26日接獲陸委會來函，確認有違反《台灣地區與大陸地區人民關係條例》第40條之2「大陸地區之非營利法人、團體或其他機構，非經各該主管機關許可，不得在台灣地區設立辦事處或分支機構，從事業務活動」規定。
教育部表示，今年11月4日已經函請清華大學校友總會、清華大學，調查該新竹辦公室從事活動情形，並報告教育部。此案將依據《兩岸條例》第93條之3規定，以違反此條例40條之2進行裁罰。
針對國立清華大學將校內空間租供清華海峽研究院（新竹辦公室），作為辦公處所部分，教育部強調已督導國立清華大學依該校場地設備管理使用相關規定，針對本案違背法令情事，立即停止其使用並即刻撤離。
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