國內青少年已開打BNT疫苗，不過，中研院生醫所兼任研究員何美鄉表示，對於讓青少年打疫苗一直保有疑慮，且比對美國與台灣現有數據發現，國內青少年施打首劑BNT後心肌炎的粗發生率為美國青少年2倍，也讓她更憂心第2劑接種，是否讓心肌炎比例再提升，呼籲指揮中心提出青少年防重症的利和心肌炎的弊相關數據分析供家長參考。對此，指揮中心發言人莊人祥表示，截至10月27日有19例青少年在接種BNT疫苗後出現心肌炎，但也解釋因美國和台灣的通報敏感度不同，導致數值有差異。
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何美鄉於臉書發文指出，12至17歲的人口組群約為120萬人，接種率88％，國內青少年接種第一劑BNT後，罹患心肌炎的機率約為13/百萬劑，「在沒有台灣此年齡層預期的心肌炎背景值的情況下，台灣青少年施打第一劑疫苗後心肌炎的粗發生率為美國青少年的2倍，至於第2劑BNT是否也會相對的提升，非常值得關切。
何指出，疫苗的利是預防重症與死亡，但台灣小孩的重症是多少？死亡是多少？請專家們用數據依疫情可能的嚴重度推估一下；疫苗的弊是嚴重心肌炎，年紀愈小，風險愈高，青少年可以自己決定，要不要承受這些風險，更呼籲指揮中心提出青少年防重症的利和心肌炎的弊相關數據分析，供家長參考。
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對此，莊人祥指出，截至10月27日最新數字顯示，BNT疫苗接種後發生19例心肌炎個案，年齡業為12至21歲、16男3女，如是12至17歲則有16例，分別為13男3女，19例中17例出院、1例住院中，1例於門診追蹤，為18例輕症、1例住院，經計算，國內青少年接種BNT疫苗後，罹患心肌炎韋男性22.5/百萬，女性5.5/百萬。
莊人祥解釋，因美國、台灣做法不同，台灣是用數據監測，以通報定義去做，但美國是每1個案例都會用病例審查，所以病例分子比較嚴格，比例才會少一點，這牽涉到每個國家通報的敏感度而影響到數值。
至於是否讓出現不良事件的青少年接種第2劑BNT疫苗，莊人祥則回應，還是得將把數據再和專家討論後再做研判。
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