國內目前有14間醫院有住院病患或醫護、工作人員確診！指揮中心強調，由於已經爆發社區感染，很難定義這些人在社區染疫或在醫院被傳染，希望不要讓這些醫院被標籤化，張上淳也強調，不是所有醫院有人確診都要全員採檢，台大是因為工務室有10人染疫，無法追蹤院內足跡和接觸者，才會決定採檢8000人。
羅一鈞證實，和平醫院增加一名呼吸治療師染疫，是之前社區感染確診醫護的接觸者，因為發病日跟疫苗接種日接近，觀察期過後採檢陽性才確診。
指揮中心醫療應變副組長羅一鈞：「確實有(新北)聯醫三重院區的護理師，因為照顧過確診病人之後，也被匡列為需要隔離的對象，在隔離期間採檢確診；另外，也有部立台北醫院護理師，她本身有萬華活動史。」
截至目前，指揮中心證實院內感染醫院有5家，包括北市萬華某血液透析診所、聯醫和平院區、三總松山院區、新北亞東醫院和高雄仁惠醫院；另外，包括汐止國泰、北榮、北醫附醫、台大在內，總共9家醫院是有住院病人，或院內工作人員，或醫護確診。
指揮中心醫療應變副組長羅一鈞：「這些醫院它們有發生，不管是驗到病患或員工陽性，很多也都是跟我們在5/17附近，開始有做全院的入院，以及醫護人員定期篩檢有關。」
羅一鈞強調，雙北已經爆發社區感染，無論是病患入院後採檢或醫護、工作人員有症狀採檢確診，已經很難定義是在醫院遭感染或在社區遭感染，因此，除非有醫院爆發大規模院內感染事件才會特別說明，避免特定醫院被標籤化。
指揮中心專家諮詢小組召集人張上淳：「(病患或醫護)採檢發現陽性，可是他在醫院裡面已經有待一段時間，我們還是要根據我們疫調結果，決定我們要怎麼樣匡列、篩檢(接觸者)。」
針對部分醫院醫護抱怨，院內有確診為什麼沒有全院採檢，張上淳也強調，台大是因為無法追蹤足跡、匡列接觸者，才會全院採檢。
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