國民健康署於2018年補助國中女生施打HPV疫苗，自2025年9月起，將國中男生納入公費HPV接種對象，至於男生是否需要施打疫苗？食藥署表示，男女都有可能感染HPV，因此接種疫苗不僅保護自己，也能間接保護伴侶。食藥署也強調，HPV疫苗雖然有數種副作用，但還是經過世界衛生組織認證安全、有效的疫苗。
疫苗保護時間皆超過8年
食藥署在Facebook「藥博士 正藥說」指出，HPV主要的傳染途徑為性行為或體液接觸，而女性最佳的施打時間為尚未發生性關係的階段，但不管男性或女性，施打後皆可從此預防病症，根據衛福部指出，研究顯示，二價疫苗至少可以保護9年，四價疫苗至少保護10年，九價疫苗至少保護8年。針對HPV二價、四價、九價疫苗的差異，為預防病毒不同。根據衛服部健康署官網，男性施打HPV疫苗不僅可預防「菜花」，還可以避免口咽癌、頭頸癌、肛門癌、陰莖癌等癌症。女性則可以避免感染人類乳突病毒、子宮頸癌等病毒。
| 保蓓(二價)Cervarix | 預防第16、18型 |
| 嘉喜(四價)Gardasil | 預防第6、11、16、18型 |
| 嘉喜(九價)Gardasil | 預防第6、11、16、18、31、33、45、52和58型 |
至於男性應該施打哪種疫苗呢？雖然二價、四價、九價的單劑疫苗價差大，但目前僅有九價能預防菜花。
