位居全球百大大學，排行前列的香港大學，農曆年剛結束立刻收到一顆震撼彈，就是校長馬斐森火速請辭，將提早在任期屆滿前一年，也就是明年1月離任，返回英國接下年薪比港大少一半的愛丁堡大學校長職務，馬斐森閃電請辭，各界猜測跟政治因素有關，港大校董會就有人認為，是特首指派而來的人馬與他不合，才讓馬斐森萌生辭意。
港大校長馬斐森(2014.10.3)：「拜託拜託拜託安全第一，照顧自己和其他人，不要引發任何衝突！」
親自站到參與佔領中環的學生面前，他就是香港大學校長馬斐森，農曆年剛結束，學校還沒開學，他卻發了一封辭職信給全校，將提早在任期屆滿前一年就離開，返回英國接下年薪比港大整整少一半的蘇格蘭愛丁堡大學校長職務，愛丁堡的官網也同時發布了這項人事任命。
香港大學校長馬斐森：「香港顯然是一個政治非常複雜的地方，而這份工作亦屬政治複雜的工作，我享受這份工作喜歡其複雜性，我已盡力為大學爭取最大利益，而那不是令我離開的原因。」
強調是個人因素才決定請辭，但港大學生不認為這麼單純。
港大學生：「我認為背後一定有壓力，一些我們可能不知道的壓力，我自己對校長的印象都很好，我周圍的同學也覺得還好。」
香港大學校長馬斐森(2014.4.1)：「我會致力維護香港的核心價值，我們希望捍衛學術自由和言論自由。」
強調言論自由的校長，上任不到半年，香港爆發史上最大規模的學運，港大是發動的學校之一，馬斐森親臨現場慰問而不是勸退，就在佔領中環事件之後，特首梁振英在施政報告上，特別點名港大校刊學苑，以香港民族命運自決為題發行，批評這樣的刊物是港獨，但馬斐森堅持學生有言論自由，回應特首的港獨形容不切實際。
前年港大校園發生，學生包圍校委會會議，因為副校長任命案，馬斐森提出的人選遭否決，而且特首梁振英，指派了走在馬斐森前面的這位李國章，接任校委會主席介入校務，學生因此不滿引爆衝突，但馬斐森還是站到學生面前溝通。
港大教職員協會會長陳捷貴：「他在各方聯絡和溝通做得不錯，無論與偏激的學生與不同看法的教職員，傳統的校務委員會委員，他也把持得不錯。」
馬斐森在發出這封請辭信時，仍然強調當年就任時的承諾，「對於過去三年香港處於前所未有的政治複雜環境下，捍衛港大的核心價值，確保師生的言論自由，是他任內最滿意的事」！
港大校委會成員張祺忠：「他都還為大學訂長遠發展計劃，籌款有個計劃，不知為何突然離職。」
突然請辭各界猜測，港大校董會就把矛頭指向梁振英指派而來的李國章，認為是他造成港大管理困難，另外有校委會成員認為，是馬斐森得不到李國章的支持，內耗嚴重才決定請辭，有人因此擔心馬斐森離職後，港大的學術自主恐怕將受到干擾。
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