極力拚出口、拚觀光的日本，在這時候爆發禽流感，這是日本3年來再度陷入禽流感的惡夢，這次疑似集體感染H5型禽流感的地點在九州的熊本縣，為了杜絕後患，日本政府除了立刻撲殺11萬隻雞，同時立刻禁止半徑10公里內的雞隻、雞肉和雞蛋交易；日本對禽流感是戒慎恐懼，完全不敢掉以輕心，因為3年前最嚴重時，蔓延了日本，9個縣全傳出疫情，這次的九州熊本飼養的雞隻超過350萬，數量占日本全國第8。
日本熊本縣的養雞場爆發禽流感，在附近國道行經的車輛通通被攔檢消毒。消毒人員：「因為禽流感的關係，正對車輪進行消毒。」
司機：「很擔心，沒想到會在本地發生(禽流感)。」
熊本縣多良木町的養雞場，56000飼養雞隻當中，有1100隻死亡，經檢驗，10隻有2隻感染H5型禽流感，為避免疫情擴散，14日已對同個業者經營的2個養雞場，合計11萬2千雞隻，全面進行撲殺，預計週三前(16日)直接在養雞場內完成掩埋。日本首相安倍晉三：「要徹底並迅速執行防疫對策與防疫措施。」
這是日本3年來首度在國內發現禽流感案例，尤其目前是東南亞候鳥遷徙至中日韓的季節，南韓過去3個月就因為雞、鴨大規模感染H5N8，1100多萬雞、鴨遭撲殺，所以不排除是候鳥將病毒帶進日本。京都畜產大學禽流感研究所大襯公一：「可能是在中國、東南亞感染了病毒，或是大量病毒附著在鳥類身上，讓病毒入侵養雞場。」
H5型禽流感中，以H5N1最為人知，至今已在50多國間流傳，日本也偶有疫情，3年前在宮崎、千葉等9縣，曾因此180萬隻雞遭撲殺，不過這回的H5型疫情只出現在熊本縣內特定養雞場，而且不會傳人，但為了防疫，熊本縣府發布，在爆發疫情的養雞場半徑3公里內，禁止雞隻與雞蛋移動，半徑10公里內的雞隻與雞蛋也禁止交易。熊本縣養雞業者：「因為發出移動限制，所以非常地困擾，但希望疫情不要擴大。」
素有「畜牧王國」封號的日本南九州，除了禽流感，還有另一個情況堪憂的傳染病，PED豬流行性腹瀉，病毒透過糞便傳染，感染豬隻會有食慾不振、腹瀉等症狀，又以出生10天的豬仔最容易發病死亡，自去年10月沖繩首度發生感染案例後，疫情迅速擴散，截至目前已知26個縣，19萬頭豬感染、5萬8千頭死亡，數字還在不斷增加。日本主婦：「還滿常吃豬肉的，一個星期大概吃3次，所以很常買。」
日本主婦：「常煮薑燒豬肉、餃子，咖哩也喜歡豬肉口味，還有炒菜也用。」
日本全國共有1700萬頭食用豬，雖然疫情目前尚未影響到市場豬肉價格，但與2010年中國大陸、2013年美國發生的豬流行性腹瀉病株類似，如何從海外傳入日本，原因尚不明，其實就連台灣也中標，疫情至今傳了半年，20多萬頭豬死亡，豬肉價格居高不下。動物衛生研究所山川睦：「病毒本身不會傳人，所以不會對人的健康造成影響。」
同樣是豬隻病毒，2010年宮崎縣口蹄疫大流行時，只要有一頭感染，全面處分，造成30萬頭豬、牛慘遭撲殺，農損1400億日圓；相較之下，豬流行性腹瀉傳播速度較慢，只要注意衛生、隔離分娩豬圈就能減少感染，但日本疫情爆發半年都沒控制住，被批評是飼養管理太過鬆散。日本養豬戶：「為了不進一步擴大，比平常噴灑更多的消毒藥劑。」
尤其豬流行性腹瀉在日本，不像口蹄疫是可以透過撲殺控制的法定傳染病，只能加強消毒、施打疫苗來阻止疫情蔓延。
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