對台灣入聯，美方在布胡會前反對態度相當直接，美國副國務卿尼格羅龐提跟白宮國安會亞太事務主任韋德寧，先後重話批台，認為台灣企圖改變現狀，挑起兩岸緊張，美台過去的友好關係降入冰點，也反映在陳總統幾次過境美國的規格的差異。
陳水扁總統強勢推動台灣入聯公投，讓美國跟台灣關係立刻出現低迷的氣氛，美台關係好不好，直接反映在陳總統過境美國的規格。
這是03年陳總統出訪巴拿馬過境紐約的盛況，當時陳總統公開出席海外阿扁後援大會，拉抬04年大選聲勢，還跟美國眾議員共進午宴，台美關係融洽，不過好景不長，美台關係隨著陳總統不斷拋出統獨議題，溫度越降越低，05年呂副總統出訪中美洲回程境休士頓，只短暫停留就飛回台灣。
06年，陳總統展開中南美洲9天8夜興揚之旅，美國只願讓總統過境阿拉斯加迫使陳總統演出迷航記，今年陳總統主導入聯公投，美國高層立刻嗅出台海危機，副國務卿尼格羅龐提率先提出警告。美國副卿尼格羅龐提：「我們反對這類公投的意圖，因我們將此舉視為台灣宣布獨立的第一步，也朝向改變台海現狀，至於公投作法，就像我先前說的，我們認為那是一項錯誤。」
美方認為，入聯公投就是改變現狀，宣布台獨的第一步，這也使得陳總統的畢業之旅過境美國的規格，只在阿拉斯加短暫停留加油，陳總統甚至以拒絕下飛機回應。
可惜這樣的姿態，堵不住美方批評，白宮國安會資深官員韋德寧乾脆說出重話，直指台灣或中華民國並不是一個國家，同時，現在搞入聯公投只會讓兩岸關係陷入沒必要的緊張，韋德寧更透露，台灣入聯公投將成為布希跟胡錦濤在APEC會面的主題之一，從平等看待台海關係，到重砲批評台灣，台美關係隱然跌到冰點。
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