受鳳凰颱風外圍環流影響，日本沖繩在周二傍晚下起暴雨，本島北部的國頭村，更一度出現時雨量110毫米的猛烈降雨，讓日本氣象廳發出警報。至於八重山群島的小濱島，周二下午也因為大氣不穩定，出現龍捲風。日本氣象廳分析，一旦鳳凰颱風雲系靠近沖繩，當地可能出現警報級大雨。
周二上午9點30分左右，日本沖繩八重山群島的小濱島出現疑似龍捲風的強烈陣風。從目擊者拍攝的畫面可見，灰色雲層從空中向地面延伸，形成漩渦狀並向右側移動。雖然目前沒有傳出人員受傷的消息，但當地已確認有樹木倒塌堵塞道路的災情。從無人機拍攝的畫面中還可看到島上甘蔗田被強風吹倒的情形。
當地氣象台表示，這次龍捲風的形成是因為鳳凰颱風帶來的暖濕氣流影響，使沖繩縣部分地區出現強降雨，導致大氣條件變得不穩定。到了周二傍晚，情況進一步惡化，日本氣象廳針對沖繩地區發布了創紀錄短時間大雨資訊，國頭村東部地區更觀測到時雨量約110毫米的猛烈降雨。
當地民眾拍攝的畫面顯示，國頭村比地川因暴雨水位暴漲，幾乎淹過兩岸的草地。Weathernews氣象預報員指出，沖繩本島及周邊地區的降雨仍將持續，有時可能伴隨雷聲出現強烈降雨，預計這波降雨的高峰將出現在13日至14日左右。鳳凰颱風預計在13日早上接近沖繩，沖繩氣象台警告可能出現強風。由於大氣仍然不穩定，未來幾天沖繩地區可能降下警報級大雨，甚至可能引發土石流災情，當地居民需提高警覺，做好防災準備。
