一艘坐灘仁愛礁24年的菲律賓登陸艦，引爆中菲兩國在南海的緊張衝突，菲律賓海岸警衛隊公布錄影畫面，嚴厲指責中國海警恃強凌弱，阻撓菲律賓船隊的運補工作，違反海上安全準則，危害運補船隊在國際海域的正常航行。
1999年5月，菲律賓海軍登陸艦馬德雷山脈號，由於不明原因擱淺在仁愛礁，菲律賓官方說法稱馬德雷山脈號是在開向附近海域的時候，碰觸到暗礁導致坐灘；但是西方的情報則顯示，馬德雷山脈號是被菲律賓軍方拖到仁愛礁上坐灘；不過菲律賓軍中卻盛傳馬德雷山脈號，是在準備返回母港時，意外擱淺在仁愛礁上，當時受限於艦隊沒有拖吊船或是救難船隨行，只能先將艦上官兵先轉移到其他艦艇，等到回國之後，在研究該怎麼協助軍艦脫困，最終受到國內政經環境的變動，營救登陸艦的計畫也就順勢延宕下來。
菲律賓的舉動，引起周邊國家不滿，尤其中國更強烈要求菲律賓政府要把軍艦拖離仁愛礁，還給南海一個安全的航行路線，雙方甚至為此鬧上國際法庭，儘管仲裁結果支持菲律賓的合法性。卻也埋下中菲在南海海域的心結，畢竟有了國際法庭的認定，等於宣告菲律賓具有這片海域的主權，對中方進出南海海域，形成箝制。
對於中國政府而言，菲律賓把馬德雷山脈號登陸艦拖到仁愛礁坐灘，無疑是一種偷偷摸摸、佔地為王的舉動，是對中國固有疆域的入侵行為，絕對無法容忍，即便中方透過各種管道向菲律賓表達抗議，卻沒看到菲方有解決的誠意，也讓中國必須採取更為強硬的態度作為制裁，新加坡南海問題學者，南洋理工大學國際研究學院研究員許瑞麟認為，今年以來發生的一系列緊張對峙，顯示出中國和菲律賓在此地的抗衡正在升級，而且這次的水砲事件也顯示出只要其中一方失控，或是操作失誤，很有可能會激化地區的不穩定。
儘管包括美國、日本、德國和澳大利亞都對此一衝突，對中國發出譴責，不過中方也公布空拍畫面，聲稱中國海警「全程保持高度理性克制」，海警艦發射的水砲也沒有直接打中補給船隊，反倒是菲律賓海岸警衛隊的船艦，只差幾公尺就要撞上中國海警5305艦的艦艏，為什麼不見國際譴責菲律賓的危險航行？以美國為首的第三方顯然立場偏頗。
中國國防部發言人吳謙也表示，美國不是南海問題的當事方，無權在這個問題上指手畫腳。中方要求美方立即停止利用南海問題搬弄是非、挑撥離間，切實尊重中方在南海的領土主權和海洋權益，尊重地區國家為維護南海和平穩定所作的積極努力。中國軍隊將堅決履行職責使命，堅定維護國家主權和海洋權益。
儘管中菲這起海上衝突，目前情勢有逐漸趨緩的跡象，然而學者表示，如果中菲兩國一直無法在仁愛礁問題上達成共識，對南海及周邊國家會帶來難以預估的衝擊，要想避免緊張局勢升級，有賴中菲兩國開啟對話管道，商討如何解決仁愛礁爭議。
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