海運直航今天展開，在港口參與首航儀式的船隻，都能看到上頭懸掛青天白日滿地紅的國旗，不過為了避開主權的敏感爭議，這樣國旗飄揚的畫面，恐怕未來在兩岸往返的船隻將暫時看不到。因為雙方已經有共識，包括中華民國國旗、大陸五星旗，甚至任何註冊國家的國旗，在進入對方領海時，通通都不懸掛。
隨著汽笛一聲聲鳴響起，代表兩岸海運直航正式展開。歡欣熱鬧的慶祝場面，象徵兩岸再往前跨一步，只是這一步，容許得了這面青天白日滿地紅嗎？陽明海運船長程修：「還是以香港模式，我想應該是這樣子，據我目前所能了解的。」記者：「掛公司的旗還是國旗？」程修：「公司的旗公司的旗。」
敏感的兩岸關係再度浮上檯面，因為按照一般國際貨輪規矩，船頭應懸掛入港國國旗，像進入基隆港就該掛中華民國國旗，至於船尾則是掛上註冊國國旗，以彰顯船隻身分，不過如今的兩岸海運直航，恐怕這些都會不一樣。
陸委會主委賴幸媛：「我們到對岸的口岸，他們到我們的口岸暫時互不掛旗，在自己的口岸當然是要，自己的輪在自己的口岸當然是掛旗的，可是我們兩岸的協議是說，到對方的口岸的時候，互相暫不掛旗，先擱置爭議。」
雙方達成共識，中華民國國旗不掛，大陸五星旗不掛，就連註冊國國旗也通通不掛，也就是說船只要開進大陸領海，距離沿岸12海浬之前，所有船上旗幟全部都要拿下，只懸掛公司旗。大三通似乎國旗還是不能通，未來往返兩岸的船隻，恐怕將看不到這樣青天白日滿地紅的飄揚。
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