監察院通過高涌誠、張武修調查台大新任校長遴選涉有違失案，並針對教育部及台大明顯重大違失予以糾正。調查還發現，管中閔從106年6月14日兼任台哥大獨董一職，可領取200到500萬元區間酬勞，但台大卻僅獲得回饋金50萬元，極為不合理。
監察委員高涌誠：「台大有這樣的嚴重的，不能依照兼職處理原則來處理，教育部也沒能長期監督，32%未滿的狀況，我們認為這個相關規定，有點喪失原則。」
尤其管中閔更被點名兼任獨董，過程有不恰當之處，監委指出管中閔4月28日獲選為台哥大獨立董事，是經過書面申請與核准才兼任 ，卻有沒問題，但6月14日台哥大股東會當日，管中閔又出任審計委員及薪酬委員，卻有明顯違規在先。
監察委員張武修：「本來產學合作是要有回饋，不是要哄抬教授的身價，領高額薪水，那他把學校當作什麼？」
監委特別強調，不是針對管中閔個人，而是整個遴選過程，包含台大對候選人資訊自我揭露，及調查揭露不只規定不完整，討論也不完整，因此連帶糾正台大，並且認為教育部未盡督導之責，現行國立大學校長遴選規定，配套措施不當，因此教育部也有明顯疏失。
台灣大學主秘李心予：「我們台大立場，尊重大學法，尊重遴選，大家也靜待訴願結果。」
台大則說會等待訴願結果，目前不會有重啟遴選等動作，認為獨董爭議只是時間上的問題，教育部也說，要等收到監察院正式公文才打算回應，台大校長遴選案，一路從行政院燒到監察院，爭議不休，到底何時能解，恐怕還是場長期抗戰。
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