教育部長吳茂昆爭議延燒，還被國民黨立委指出，吳茂昆在擔任東華大學校校長期間，兼任陳慶男成立的基金會董事，還被基金會指名受捐60萬元做綬草研究，根本關係匪淺，雖然吳茂昆強調申請的2.0專利還沒取得，也被踢爆吳茂昆送件給大陸的申請書上，白紙黑字寫下中國台灣地區，也引發爭議。
國民黨立委柯志恩：「吳茂昆跟陳慶男本身都是淡江的傑出校友，他們本身也很熟稔，大家都知道這一點都不是問題，就是說吳茂昆在校長期間，他擔任了陳水來文教基金會的董事時，他到底有沒有提出來申報，有沒有經過核准，如果沒有那他就是違法。」
同屬淡江幫的吳茂昆，在陳慶男成立的基金會擔任董事，還被基金會指名受捐60萬作綬草研究，令人懷疑吳茂昆遊走政商界。另外，吳茂昆擔任東華大學校長期間，向國際申請專利同時也向大陸送件，還在申請書上寫下「中國台灣」地區。
國民黨立委陳學聖：「真正面臨到實際處境的時候，就發現他是寬以律己、嚴以待人，包括所謂的『中國台灣』，這是民進黨最大的忌諱，那你是不是你內心的想法跟你實際的作為有很大落差，我覺得一個教育部長如果不能表裡如、一以身作則，這教育是毀敗的開始。」
國民黨立委陳宜民：「其實他們用的，都是他們自己所屬的專利，也不是跟東華大學技轉的專利，所以在這邊東華大學的主秘，也出面澄清說，他們從來沒有技轉給施沛恩這家公司，所以我個人會覺得，這事情有點像是說(施沛恩成員)這4個人有點像共犯結構。」
吳茂昆解釋，2.0專利還沒取得，就算專利下來也歸東華大學所有，但種種爭議至今擺不定，就怕行政院長欽點的教育部長，成了執政黨自家後院的導火線。
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