行政院長賴清德今（14日）上午證實，教育部長潘文忠週四在行政院會結束後已遞出辭呈；而賴清德表示，潘文忠是因家庭因素請辭，不是因為台大遴選校長管中閔案。而潘文忠稍早也發表了請辭聲明書，內容還是提及台大校長遴選事件，似乎打臉賴揆的說法！
潘文忠請辭聲明全文如下：
各位親愛的同仁及各位媒體朋友，在此向各位報告，本人已向行政院賴院長請辭教育部長職務。
尊重大學自治、學術自由，是我們堅守的信念，而實踐這些信念必須建立在誠實、法治的基礎上。做為教育工作者，誠實信用、遵守法治更是教育下一代最重要的基礎和價值！台大校長動見觀瞻，社會各界都會以高標準來期許與衡量。台大校長當選人，應向社會公開澄清自身行為所引起的爭議，這是權利更是義務，以做為學生的典範，贏取師生的認同。尤其，台大是台灣的學術龍頭，台大校長更是引領台灣高等教育與學術發展的關鍵領航者。
台大校長一職懸缺至今，究其根本是因為一年多前的學倫案重創台大以及台灣的學術形象，楊前校長也因此不再續任。台大學倫案的查察，到此次校長遴選過程中所產生的各項疑義，雖經遴委會及臨時校務會議的討論程序，但爭議並未徹底釐清，尤其當選人多項赴中兼職的疑義，亦恐有涉及違法的疑慮，教育部做為主管機關，如果不調查、不釐清，才是嚴重失職！而教育部為釐清爭議，要求台大及遴委會查明疑義，卻經常遭到泛政治化的攻擊和汙衊；更因政治的操作，徒增教育部同仁在行政及業務執行上的壓力和負擔。
面對此次台大校長遴選案引發之爭議，教育部在尊重大學自主與當選人種種爭議釐清之間盡全力妥適處理。但令人遺憾的是，遴委會及校務會議對各項爭議的處理，或以模糊帶過，乃至以擱置方式不處理；而當選人面對各項爭議則選擇不對外界公開說明，任憑疑義蔓延，不但延緩校長聘任時程，更造成教育與社會的紛擾，這已經衝擊了社會對教育以及台灣大學校長的期許，這是令我最深感遺憾的。我從來不會畏懼職務上帶來的各種挑戰，但此遴選案爭議的釐清過程，預期將持續遭遇到政治化的攻擊和汙衊。幾經思考，我決定辭去部長一職，希望所有的政治操作能就此停止，讓本案回歸到單純的校長遴選程序和當選人身份適格的討論。
身為教育工作者，我堅持原則，絕不戀棧職位，由衷希望我的辭職，提醒各界理性思考，可以讓台大校長遴選紛爭，有一個重新釐清的機會。
最後，衷心感謝所有教育同仁過去一段時間的協助，珍重再見。
潘文忠107.4.13
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