官員說，李遠哲時期，中研院預算年年擴張，但每年送到行政院，行政院基於對總統的尊重，幾乎是「一毛未刪」、「一字不改」的通過，中研院仰仗的就是與總統的政治關係。如今中研院行文行政院希望科技預算能「自己審」，卻被行政院打臉。
設置將屆90周年的中研院，做為中華民國學術研院最高機關，享有國家龐大資源，最近卻發生兩件事，都攸關中研院的機關形象。其一是中研院行文行政院，要求中研院的科技預算不要由科技部審查，而改由自家自審，卻遭到行政院打臉。其二是，70位中研院士連署發表聯合聲明，反擊監察院彈劾前院長翁啟惠是未審先判。第一時間也被監察委員打臉。
解嚴後搞政治，恃權威取發言權
連署這件事，反映出中研院士們「護主」心切，及對中研院形象的維護，但卻因對監察權的行使缺乏認識，而遭到監察委員的回酸，顯得有些難堪。監委包宗和回應說，「彈劾並不根據司法判決結果，而是依監察院的職權，追究公務員的行政責任，而非刑事責任。」
翁啟惠因涉及浩鼎案偵結，檢方以貪汙罪將他起訴，成為中研院成立近90年來，第一位被起訴的中研院長，此事也重創中研院的形象。監察院相關官員說，中研院院士們想捍衛翁啟惠的清白，不以事實證據，反以「政治」方式攻擊監察院，授人口實。
李遠哲頂著諾貝爾獎得主的光環，被前總統李登輝邀請回國，職司學術大殿，於1994年1月15日上任，2006年10月19日卸任，長達12年的院長任期，除主導教改失敗，國人印象最深刻的，莫過於選舉之時的「挺扁」、政治光環的「去藍近綠」。
〈完整內容請見新新聞1585期〉
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