因應大陸機艦繞台的威脅，國軍規劃把原本直屬於國防部的「防空飛彈指揮部」移編給空軍，縮短命令下達的時間，不過之前空軍出身的部長馮世寬，也把陸軍採購的黑鷹直升機撥給空軍使用，引發外界對部長偏袒單一軍種的質疑。
大陸艦載機部隊司令戴明盟：「從飛行的結果來看，我們的人、我們的裝備、包括我們的流程都承受住了考驗。」
大陸殲-15艦載機，密集在遼寧艦上進行起降訓練，對我空防威脅與日俱增之際，國軍規劃3月份把原本直屬於國防部的「防空飛彈指揮部」移編給空軍，另外成立「空軍飛彈指揮部」因應，這已經是飛指部成立以來第六次移編，負責高空防禦的愛國者三型、天弓三型飛彈，以及負責中高空的天弓二型等等，全部交給空軍管轄，未來將把重心移到東部地區，至於戰略性飛彈例如雄二E型地對地戰術反制飛彈，發射的職權仍在國防部手上。
軍事專家陳國銘：「防空飛彈交給空軍管轄的話，當然就不用層層受限說今天發射防空飛彈還要透過國防部，事實上不用，因為這個時機太慢了，打到內陸去像大陸、像雄二E或中科院研發秘密型飛彈，這個可能就要由政府管轄比較好。」
不過外界好奇的是，空軍出身的部長馮世寬上任後，不只把飛指部移給空軍，甚至陸軍採購的黑鷹直升機，都硬生生撥15架給空軍使用，其中3架還要設計成總統專用的「萬鈞機」，加上未來還要替空軍新增航發中心，難道不會太過偏坦單一軍種了嗎？
軍事專家鄭繼文：「確實會有讓外界這樣的印象，陸軍構型的飛機變成空軍救護隊的直升機，就軍事專業的角度來看，可能是更大的浪費。」
各軍種出身的部長有本位主義無可厚非，只是是否真能增強國軍戰力，可就得好好思量。
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