前交通部長郭瑤琪因收賄案，三審定讞被判刑8年，目前正保外就醫中，但郭瑤琪仍喊冤他沒收賄，因此友人出書力挺，更公佈郭瑤琪打算非常上訴消息，新書發表會上，總統也送上親筆信認為郭瑤琪受到不公審判，替郭瑤琪加油打氣，但法界律師質疑，總統這麼做會被認為是要干預司法，很不恰當！
要聲援前交通部長郭瑤琪沒收賄，她的法界和政界友人聯名出新書，說要還郭瑤琪清白，總統也送上親筆信替郭瑤琪加油打氣。 總統在信件中透露，對於郭瑤琪遭遇的不公司法審判，許多法界和政界人士都感到不平，她自己也感到不捨，衷心希望郭瑤琪能保重身體多加珍攝，文末附上親筆簽名，誠意十足。 而同時記者會現場也播放一段郭瑤琪的語音。
郭瑤琪：「本月28日的下午將會由我們聘請的律師，陪同我的先生彭光輝一起去提出非常上訴。」
申請非常上訴的音檔，不過律師直言有問題。
律師吳奕綸：「總統對司法有一定的影響力，今天又針對這個司法個案說判決是錯誤的，覺得這已經干預司法。」
法界律師話說的直白，因為郭瑤琪的收賄案已經三審定讞再上訴 ，只能由總統指派的檢查總長來審案，但總統府表示總統的親筆信只是對老友表達關心，一席話難保不會帶起風向。
國民黨立委曾銘宗：「司法改革最重要精神，就是給予法官獨立辦案的空間，那他帶頭介入司法個案非常不合適，都假的 。」
當初在520就職典禮上喊的震天價響的司法改革，不只司法院正副院長提名一度卡關，進而影響國是會議召開，現在又有影響審判的爭議，也難怪總統說好的司法獨立備受質疑。
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