憲兵搜索案，是由軍事安全總隊負責！這單位的前身是反情報總隊，專門從事情蒐跟反情報的工作，早期是神祕深不可測的單位，刑求傳聞不斷。反情報總隊偵辦過江國慶案、羅賢哲共諜案，也抓過不少軍官喝花酒跟婚外情。2013年改稱為軍事安全總隊，立委質疑是有人刻意要收回銷毀恐怖時代的文件，避免牽扯到軍方高層。
電影《風聲》殘酷用刑逼求口供，真實世界裡台灣早期的反情報總隊，戒嚴時期刑求傳聞不斷。搖身變成軍事安全總隊，沒想到現在成為憲兵搜民宅的主要指使。
民進黨立委陳其邁：「我們要求說要求我們的軍方，做好保密防諜抓匪諜結果你去找百姓開刀找小百姓開刀踐踏人權。」
不管是神秘的羅賢哲共諜案或是轟轟烈烈的江國慶案，還有桃園空軍基地彈藥失竊案，反情報總隊都被指參與其中。2013年改稱為軍事安全總隊，隸屬於政戰局保防安全處。講得正面一點說他是國軍的CIA，講得負面一點封他是國軍東廠。
民進黨立委陳其邁：「這群人過去是劊子手然後現在解嚴已經事隔數十年的時間，這些人繼續把過去他們所犯下的，這些罪嫌把這些檔案回收回來，你告訴我他們回收這些檔案，沒有任何政治動機或是不想掩飾，什麼院長我不相信。」
但軍方澄清刑求傳聞都是太過渲染，這單位只負責蒐證不是偵辦。
國防部發言人羅紹和：「在做相關的蒐證當中，也許他會從網路上面發現一些資訊，這個就像警察的路巡一樣。」
立委痛批，這個國軍東廠不具備司法警察的身分，卻主導辦案，是濫權過了頭。
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