除了憲兵搜索民宅的爭議外，由於總統當選人蔡英文先前因為家族投資，所涉及的利益衝突迴避問題，也成為立委關注重點。有立委建議有鑑於選舉當選人都具有影響力，所以建議法務部將總統、地方首長和民代當選人，都納入利益衝突迴避法的規範對象。不過也有專家認為與其不斷增加適用對象，不如強化司法調查執行力，才能遏止公務員和身邊的關係人走偏門，進行違法圖利。
總統當選人蔡英文大力推動生技，家族卻同時投資相關產業，算不算違反《公職人員利益衝突迴避法》，在司法法制委員會上成了質詢焦點。
立委林為洲：「已經成為候選人(當選人)，在我們中央選委會確定他已經成為成為候選人(當選人)之後，(就該)統統列為所謂當事人，這樣子就不再會有這麼強烈的針對性。」
蔡英文還沒上任已經具有影響力，因此立委提議不只總統當選人，未來包括地方民代縣市首長和立委當選人，都應納入《公職人員利益衝突迴避法》規範。
以法務部最新提出的修正草案來看，公務員的關係人範圍除了原本的配偶、家屬、二等親內親屬外，還把民意代表助理政務官機要人員，以及財團法人執行長、秘書長統統新增列入，範圍越來越寬。
法務部長羅瑩雪：「機要人員其實都是跟在首長身邊，民意代表的助理常常在公務上也會有這種狀況，但是並不表示說所有的助理，他如果有向行政機關推薦人事，都一定涉及利益衝突，那利益衝突還要看那位立法委員他執行職務的範圍。」
草案適用對象擴大，但立委批評就怕掛一漏萬、抓大放小還是有漏洞可鑽。
立委柯建銘：「司法事務官有放進來了對不對，檢察事務官有沒有放進來對不對，檢察事務官很多人扮演司法黃牛啊，假如照妳這個邏輯，妳的立法說明是說這些人是接受檢察官指揮，立委助理也接受立委指揮，妳這個是法務部自己圖利自己嘛，總統府的有給職國策顧問，資政他的薪水是比照院長級啊，國策顧問(薪資)是比照部長級的，他的敏感性更高。」
公督盟執行長張宏林：「這個是因為考量他並沒有直接或監督督導任何行政機關的業務，(過去)整個偵查、調查的部分，我覺得不夠積極，或者是我們在許多的法規都玩半套，沒有真正去落實，我覺得這都有可能是產生的原因，讓他們願意鋌而走險，那我覺得這是我們過去，看到不斷會有這樣子的一個所謂的貪汙弊案產生的很大原因。」
上有政策、下有對策，與其擴大列舉對象，國會監督聯盟認為不如強化相關調查工作才是治本之道，另外怎麼定義關說和請託也是各黨立委一大關注重點，因為法務部新增草案條文中明訂，如果公職人員假借權力圖利自己或關係人，或不走合法程序向受監督機關進行關說，可處30萬以上、600萬以下罰鍰，因此認定標準是關鍵。
立委周陳秀霞：「明確很重要，否則民意代表，這個選民服務動輒得咎，恐怕這個官司會吃不完。」
關心和關說只有一線之隔，立委舉實例反問法務部，如果地方社區發展協會透過立委向台電或中油爭取敦親睦鄰經費，算不算違法？另外如果民代受選民所託，向行政機關陳情，最後決定結果跟民代期待的方向一致的話，又算不算違法？條文都得說清楚、講明白。
立委許淑華：「本來我們關心跟關說的這個分際，它就很難去認定，民代關心這個案子的進度，最後一定會說我們請多幫忙嘛，這是很正常的。」
公督盟執行長張宏林：「立法委員自己在遊說方面的登記都一直非常不及格，立法院有一個單位在做遊說登記的，它可能是立法院最涼快的單位之一，因為一年沒有多少人去做登記，我們的立法院有可能都沒有這些相關的利益單位去做遊說嗎？」
蔡英文家族投資爭議，讓清廉政治的課題再度浮上檯面，法條怎麼修才能符合各界期待，勢必還有得吵。
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