日常生活中幾乎隨處都有微量電磁波，行政院辦公室也不例外，雖然遠低於危害人體的標準，不過行政院花了166萬進行防護工程，衛生署的更貴，要價超過2千萬，引發立委質疑質疑，錢沒花在刀口上，不過行政院澄清，機房電磁波數值曾經超過600毫高斯，員工反應身體不適，在陳前總統時期，就拍板決定要進行防護工程。
這棟建物的一樓是行政院的機房，行政院砸下166萬，進行變電站安全防護遮蔽工程，立委質疑，錢沒花在刀口上。立委盧秀燕(100.5.30)：「這裡面辦公室偵測的電磁波數值，最高是多少呢，31.36毫高斯，剛才不是講833以上才有危險嗎。」
立委質疑，像這樣在室內測量，一般環境或多或少都有電磁波，政府可也沒編大把預算，幫民眾處處防護，同樣的情形還不只發生在這裡。TVBS記者鍾沛君：「來到衛生署，這裡更貴了，防護工程要價2千多萬。」
行政院澄清，機房曾經被測出電磁波數值超過600毫高斯，雖然距離危害人體的833，還有段距離，但員工反映在這附近辦公，身體老是不舒服，因此早在陳前總統時期，就已經決定要進行防護工程，要把員工健康擺第一，主計處回應，一切都符合預算編列，只是同樣電磁波防護，政府有沒有大小眼，還有討論空間。
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