雲林縣無效票的比率高居全國第一，因此驗票結果成為藍綠攻防重點；一整天的驗票結果，全縣525個開票所完成了58個，驗票進度完成了10%。
雲林驗票多張廢票率將近40%，是全國最高，綠營認為選前宣導不足是重點。綠營律師：「總統的選舉罷免法是比較嚴格的，在框框以外就無效，蓋在1號也無效，蓋在2號也無效，蓋在相片也無效，那可能是我們雲林地區一般的知識，可能水平有一點比較，不要說比較低啦！可能沒有好好宣導，所以有這樣的情形。」
有效票的從嚴導致無效票的增加這一觀點，藍營也能接受；只是驗票是否能夠釐清爭議，雲林地方法院不希望雙方存有預設立場。雲林地方法院院長王增瑜：「對廢票認定很嚴，那廢票率增加很自然的事，我想應該不要事先抱著懷疑的眼光來看這件事，我想這是很正常的。」
話雖如此，藍綠政營還是針對驗票過程中，有效票和無效票的爭議各自解讀，但是他們卻也不約而同的認為這樣的爭議跟公投、大選有關。藍營律師黃怡騰：「認定無效票的標準，把公投的標準，或者用舊的標準來算新標準，所以我們組裡面發現很多不應被認定是廢票的，我們把它找回來，或者是應該有爭議的票調出來。」
藍營律師黃怡騰：「從對方1號找出來變成2號，或2號變1號，這樣一來一回變差2票，從無效票拉出來的，一票就是一票。」綠營律師莊勝榮：「投1號，2張公投是圈圈，變成100，可能沒有注意到是要蓋在1號上面的框框，少了這句話。」
在廢票比例最高的雲林縣，藍綠攻防的主軸完全不同，藍營希望翻盤，因此積極搶攻無效票，希望能從新認定為2號的有效票；至於綠營力保有效票不被挖走之外，也積極爭取無效票增加為自身的有效票，但究竟是翻盤還是維持原來的結果，還有待高等法院最後裁決。
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