國務機要費疑雲，陳總統透過立委解釋，他是因為過去的機密經費已經繳回國庫，為了繼續維持關係，所以才使用國務機要費推動秘密外交，不過立委邱毅清查國防部和外交部，每年編列的機密預算，結餘高達1-3億元，認為陳總統根本不需動用國務費，這種說法，根本是說謊。
國務機要費，申報內容有無不法，陳總統約見立委時，出示機密文件解釋，因為過去當陽奉天專案已經繳回國庫，他才會動支國務機要費，來繼續推動機密外交.只是，邱毅找出92年到94年，國防部、外交部機密預算的執行率和剩餘款項，來駁斥陳總統。
國民黨立委邱毅：「每一年的機密預算，其實都還剩下1-3億元，有這個寬裕的金額，何需要用的區區只有，4800萬的國務機要費呢，這個謊言是越編越大，越編越離奇。」
既然國防部、外交部，每年編的機密預算，還剩下1-3億，錢是絕對足夠，為什麼陳總統不動用，反而拿國務機要費的錢，來推動機密外交呢？
民進黨立委王世堅：「前幾任的總統，也是這樣，前幾任總統，外交國防機密預算，也都有結餘之下，他為什麼把國務機要費，百方之百的使用。」
民進黨立委黃偉哲：「秘密外交工作，包括情報工作，都是多元而單線的，多元而單線的，不見得都能夠事事都知會外交部國安局。」
國務機要費的疑點重重，高檢署正在查，陳總統透過約見立委，表白自清，然而，那些所謂的機密文件，不方便拿給審計部查，卻大方出示給立委看，有沒有洩漏國家機密，又是一個爭議點。
