施明德倒扁總部，儘管強調不分藍綠，但運作至今內部卻充滿藍綠雜音。包括許多綠營出身的幹部，對賀德芬發言內容，以及李敖現身總部開記者會的作法，相當感冒。不僅如此，陳文茜與鄭麗文的男友「駱武昌」，還一度想要加入倒扁總部，也遭婉拒。倒扁總部最近編制與走向更做了調整，極力避免被「染藍」。
施明德倒扁總部運作不到1個月，已經悄悄「轉型」了。前民進黨主席施明德：「今天早上我們新聞總監說，至少有些事情有些對象，你要自己回應。」
倒扁總部注入新血輪，賀德芬發言角色被壓縮，范可欽、張富忠與王麗萍，成為檯面上活躍要角，其中絕大多數是綠營出身。
這樣的轉變，除了階段性任務考量，還有另一個原因。無黨籍立委李敖(2006.8.23)：「不要懷疑施明德，裡面寫還是沒寫都不重要。」
當泛藍色彩濃厚的李敖，在倒扁總部召開記者會，綠營出身的幹部私下大呼無奈，當時現身總部的陳文茜，一度傳出想加入倒扁，就有幹部建議萬萬不可。
類似情形還有鄭麗文男友駱武昌，曾向施明德探尋加入可能性，也遭施明德拒絕。
要杜絕染藍疑慮，施明德日前找來張富忠操盤，如今檯面上已是一片綠營幹部的天下。倒扁總部新聞總監張富忠：「 她(賀德芬)有什麼色彩，她以前也是民進黨的，幫民進黨很大的人，你要怎麼定義她是什麼色彩。」
倒扁總部組織發言人王麗萍：「『目前』內部整合非常好，大家的步驟跟定位，我覺得分工都非常明確。」
不想被染藍，倒扁總部還將調性從「倒扁」轉為「反貪腐」。矛盾的是，施明德試圖杜絕的泛藍色彩，卻是倒扁最大的力量來源。
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