經過陳瑞仁偵查，也認定陳水扁總統涉及貪污和偽造文書，只是因為元首身分無法起訴。陳瑞仁總共偵訊陳總統2次，一再提到南線外交，甚至向陳瑞仁供出，南線外交和大陸情蒐的源頭，就是台商龔金源，結果龔金源在傳喚6次未到後，傳真否認他作南線外交，從未領過任何國務機要費。這個關鍵證詞，讓曾天賜等4名被告，背上偽證罪，陳總統也被認定貪污和偽造文書。
他是龔金源，也是總統口中的南線工作者，不過他卻也是總統被認定涉及貪汙的關鍵。TVBS記者周欣怡：「根據陳總統的說法，甲君也就是龔金源，而他就是和前總統府機要室主任曾天賜，約在北一女的校門口，共分3次，拿走了6百萬的南線工作費。」
在二次的就訊中，總統都提到了南線工作，第一次他以機密為由，稱對方為甲君，第二次他才直接寫出甲君就是龔金源，而負責交錢的曾天賜說，2人都是約在北一女門口，而龔金源則是將52張發票，分成多次在各大餐廳交給了他，至於龔金源的發票打哪來，李碧君說，是她親自給龔金源的。
TVBS記者周欣怡：「李碧君供稱，她都是在住家，或是公司的樓下，將發票親自交給了龔金源，不過檢察官卻以出入境紀錄，戳破了她的謊言。」
舉例來說，檢察官發現，在92年12月16日到17日消費的8張發票都是在18日報銷，但龔金源卻從9日就出國，怎麼有本事和李碧君拿發票再報銷，無獨有偶，52張發票都是日期不符，期間檢察官又獲得龔金源的親筆傳真表示，「我本人及我太太從未拿過任何國務機要費，做任何什麼南線及大陸情搜等工作」，接連的證據等於戳破總統的機密外交領取國務費的說詞。
陳瑞仁再傳4名被告，先傳曾天賜，告知龔金源的說法，曾天賜坦承做偽證，接著包括李碧君等3人也都認了。陳瑞仁細心求證，國務機要費漫天大謊終於真相浮現。
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