國務機要費案起訴，陳總統在48小時後，終於要舉行記者會向人民報告，親上火線為自己辯護。預計今晚的談話重點應放在兩個部份：首先是關於國務機要費領得後是否據為己有？另外則是所謂的機密外交究竟涉及的範圍為何？外界期待總統能夠對此有詳盡說明以昭公信。
陳總統表示，對於國務機要費偵辦過程和起訴結果，中間帶給國家形象受損，社會動盪，政壇紛擾，以及對民進黨造成重大傷害，總統向全民、民進黨全體黨員同志及長期支持者致上最深歉意，對於陳瑞仁檢察官以及所有參與偵辦的檢調人員，在這幾個月面對各種壓力辛苦辦案，努力偵查的敬業認真態度，也要表達肯定和感謝之意，雖然部分起訴內容仍有可議之處，甚至無法接受，但是這樣的偵查結果，何嘗不是台灣司法的勝利和民主的驕傲。
總統表示，偵查報告中提到夫人用發票浮報國務機要費，是對政治人物很嚴厲的指控，甚至是判了死刑，並反問大家，他有需要這樣來貪污嗎？有些發票只有1百多元，需要用這種方法貪污嗎？並表示，如果他真的用這種方法貪污，將無法面對人民。
總統提出憲法解釋，總統除了犯了內亂和外患罪之外，其他將享有刑事豁免權，這是憲法為了國家元首對內統帥及對外的尊重和保障。總統的刑事豁免特權絕對不是保護總統個人，而是保障總統這個職位。
總統表示，身為國家元首，學法律出身，深知憲法解釋，甚至引用前幾年到花蓮作證的例子，表示曾有人勸阻，說憲法對於總統的保障，不是針對阿扁個人，而是對總統這個職務的尊重，因此當時便有人阻止他到花蓮作證。但是他還是選擇到花蓮作證，這是完全充分配合檢察官依法行使職權的表現，當時在庭上並表示願意放棄這樣的刑事豁免特權。
總統說，自己在上任之初，就宣佈降低元首薪資，8年合計下來放棄了4400萬，連薪水都願意放棄，難道需要用7百多張發票來貪污那些小錢嗎？如果真的有心要貪污，還有很多方式可以貪污，例如國安密帳、奉天專案等，但是他沒有這樣做，全部繳庫，一年可以支配1億多的奉天專案都放棄了，會5年煞費苦心收集發票貪1千4百多萬嗎？
在動機和事實方面，總統表示，過去5年，全部的機密費用，若扣除了三節犒賞文武百官的費用和其他固定費用，其他可以使用的機密費用，約9千多萬，但總統支出的費用卻有9千4百多萬，使用都不夠了，哪來的餘額可以放進自己口袋？總統再度反問，陳水扁是這樣的人嗎？
其次，總統也向人民報告，很多人搞不清楚什麼是國務機要費，很多人認知不一樣，甚至連會計師也一改再改，沒有一個完整標準。總統出示報告指出，國務機要費有時候是業務費，有時候是特別費，有時候是業務費加特別費等，變來變去，莫衷一是，變更的用途和科目真的很難遵循。
總統表示，在會計科目上，有所謂的機密費和非機密費，機密費不需發票就可支領，非機密費則需要單據，不過所謂的機密費和非機密費也是檢察官創造出來的名詞；然而從副總統到五院院長都有編列所謂的特支費，但身為總統卻沒有特支費可供使用，如果國務機要費不是特支費，那什麼才是交際費？當個總統比副總統、院長和鄉長還不如？
總統表示，他相信馬市長不是會將特支費放到口袋的人，但這是制度問題，應就制度面建立總統的特支費，並認為這種不可承受之重，讓他非常痛苦和難過。而91年後開始收集發票，不表示用這種方式準備貪污，而是可以從幾個面向思考。過去總統府國務機要費不但可以留用，也可以補充，互通有無，甚至需要發票、單據的非機密費有餘額，可以撥到機密費使用，便不需發票便可使用，一直到90年都還可以，但是91年審計單位說不行，一定要有發票才可報銷。
其次，奉天專案原本1年1億1千多萬可使用，但都繳庫了之後，總統只剩下國務機要費可使用，所謂的公關公司的費用原本適用奉天專案報銷，但之後只能使用國務機要費，當時公關公司表示，如果我們不續約，他們將向大陸靠攏，總統認為合作多年，他們知道那麼多秘密，為了防止這種情況發生，決定再續約2年，並用國務機要費報銷。
第三，機密費永遠超過非機密費，所以要想辦法用發票報銷；第四，收集發票是從91年到95年，如果91年這樣做不行，主計單位或審計單位為什麼沒有提出指正，如今那麼多年都審計過了，卻到第5年才說不行，這樣要他怎麼做？而無法留用和無法補充的改變，有人說沒關係，用發票報銷即可，當然現在知道程序有瑕疵，是可以檢討的事，但中間接受到錯誤訊息，對此感到抱歉，但用這種程序瑕疵或錯誤訊息做的事，就說是貪污，總統認為這是很不公平的事。
針對大家關心的重點：錢是否進入私人口袋，檢察官認定中間1200多萬是拿去做機密外交，另外1480萬的發票是貪污，這部份總統再次強調，開銷的比收入的多，要怎麼貪污？第一家庭一年合計180萬發票，總統反問，難道4個大人一年只需這些開銷嗎？用這180萬的發票貪汙，有可能嗎？總統澄清，雖然是用家庭成員消費的發票報帳，但全部用在公領域，1480萬絕對沒有放進私人口袋裡。
關於機密外交，總統表示有時候是從很久之前就開始準備，花錢什麼時候可以回收都不知道，如果可以成功，替台灣創造更大的外交空間，這是外交艱難中必須要走的路，有時候也常花了冤枉錢，當如果要說那些錢是平白花掉，對總統來說是很大的誤解，也不懂台灣外交的困境。
而關於甲君秘密外交案，總統說明，現在甲君在哪裡，落在誰的手中，他都很替他擔心，總統也向檢察官表示，很多機密外交，他無法向檢察官說明，甚至永遠都無法說出，要隨著人進到墳墓都不能說，就是如此機密。當初也向檢察官說，不能引起外交紛爭或政治鬥爭，這是在別的國家不會發生的事，而是因為台灣外交困境如此艱難，才必須如此，這不是阿扁上任後才有的，而是台灣一路走來的處境。
提到李前總統，陳總統表示他很肯定李前總統的貢獻，而外交困境也是李前總統最了解，有時候錢就像丟到水中一樣沒了，又不能向外人道。總統再度反批大陸打壓台灣國際出路，並表示我們不能這樣縛手就擒。總統曾向檢察官表示，很多外交工作實在無法說明，而總統實在沒有必要和義務非要向檢察官報告機密外交，為了保護當事人，好在很多事他都沒說，否則那些當事人一一曝光。
關於甲君的秘密外交工作，有人說不管是善意或惡意說謊，都該道歉，但如果說謊是為了掩護秘密外交工作，是否情有可原？總統要大家思考，國家利益和個人利益衝突時，是該以哪方為先？中間若有說辭不一之處，造成檢察官誤會，或影響司法偵查公正性，都願意道歉，但如果其中是為了掩護更機密的外交工作，甚至有些只有國安會極少數人員知道的事，在檢察官面前他都不敢講，又怎能向全國同胞說明？
總統表示，為了國家用心良苦，卻受到這樣的待遇，個人的痛苦不是大家能夠體會，但是沒關係，既然大家選他當總統，那麼再大的誤會他也要承擔，誰叫他是總統，所以他願意犧牲奉獻。
最後總統以兩點作為總結：一、清廉名譽比生命重要，個人去留微不足道，相信歷史會還他公道，司法會還他清白，不是戀棧職位，不必等到三審定讞，只要司法在一審判決貪污有罪，立即下台一鞠躬；二、國家與個人義務衝突，帶來的內心掙扎，固然不足為外人道，但作為總統，深愛台灣，深愛國家，為了國家利益，有些敏感的國家機密工作，不能講就是不能講，如果因此受到委曲，願意犧牲小我完成大我。
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