在2000年和2004年大選，都力挺陳水扁總統的前中研院院長李遠哲，昨晚從巴黎越洋發表公開信呼籲陳水扁總統，若無意放棄民主核心價值，無意背棄台灣人民對民主政治的理想，應在「小我」與「大我」間抉擇，建議陳總統慎重考慮自己的去留。
李遠哲的公開信越洋從巴黎傳回國內，他有感而發，因為他摯愛的台灣，正面臨民主時代以來最嚴重的危機。
李遠哲認為，國務機要費案讓台灣政府、執政黨與人民被迫站在歷史抉擇的十字路口，如果陳總統與執政黨無意放棄民主核心價值，也無意背叛台灣人民對民主政治的理想，那麼陳總統就必須在「小我」與「大我」，「政黨」與「國家」之間，做出正確選擇，李遠哲誠懇建議：陳總統有必要慎重考慮去留的問題。
李遠哲說，2000年政黨輪替之前，現任總統被司法機關調查與第一夫人遭到起訴，根本是難以想像的事，而在今天，司法機關展現了台灣歷史上未曾有過的獨立精神，第一家庭被調查或被起訴，雖然在法律上不代表定罪，但這是台灣司法邁出獨立的一大步，也是2000年政黨輪替的偉大果實。
李遠哲強調，自認為絕不犯錯的政黨必然是說謊的政黨，因此重點不是犯錯而是知過能改，並且改過遷善，2000年政黨輪替的教訓告訴我們，在貪腐中不知悔改的政黨必然會遭到人民唾棄，反之，願意堅守民主的核心價值，承認錯誤，勇於改過的政黨才會獲得人民著支持與祝福。
公開信最後寫下「天佑台灣」，這是李遠哲的心願；過去兩次總統大選力挺陳水扁改革，現在語重心長，要總統考慮去留，撼動政壇。
