檢方會認定馬英九貪污，主要是因為，馬英九將領到的特別費，都匯到薪資帳戶，而馬英九的家庭開銷，大多是從這個帳戶支出，檢察官清楚查出每筆費用，證實特別費被拿來私用。
翻開起訴書，檢察官用「詐術」2個字，來認定馬英九，而且還陷會計人員於錯誤，檢察官調查發現，馬英九把領到的特別費，直接匯入台北富邦的薪資帳戶，但是這個帳戶裡，每個月馬英九的薪水金額明明只有14萬到15萬，卻可以轉給妻子周美青20萬，多出來的5萬從哪來？
而且帳戶在88年11月，有一筆8萬1千元，買了台北銀行股票，另外，第一任市長期間，24萬多的水電瓦斯家用，也從帳戶支出，甚至連子女在美國的刷卡費用，3萬多，也是這個帳戶買單。
檢察官認為，馬英九擔任市長8年，實領1,530萬的特別費，其中只有412萬用在公務，剩下的1,117萬，納為私用，雖然馬英九在事後，捐款以示清白，但檢方卻發現，捐款的錢，來自競選補貼結餘款，並不是特別費的帳戶來支出。
檢方最後認定，這筆錢是給市長的特別費用，而不是薪水，雖然不用實報實銷，但馬英九還是要把全部的錢，用在公益上。
