侯寬仁起訴老長官馬英九，一夕間成為焦點，他以辦案嚴厲著名，10多年前偵辦周人蔘電玩弊案，起訴20名高階警官；後來又接手太極門案，起訴書中提到「養小鬼」，轟動社會；但他經手的大案，包括周人蔘案中的警官和太極門負責人，都獲判無罪，也因此惹來兩極化的爭議。
3年多前侯寬仁的這段話，把自己的知名度推上最高峰。檢察官侯寬仁(92.9.25)：「我們調查洪石和有養小鬼，利用符咒法術，和養小鬼來害人。」
這麼說等於認定太極門真的有「養小鬼」，起訴書中出現怪力亂神，但全案歷經一、二審，太極門負責人洪石河夫婦，皆獲判無罪，侯寬仁反而養小鬼這3個字，被監察院彈劾；但真正讓侯寬仁受到矚目的，是民國84年爆發的周人蔘電玩弊案，偵辦大動作，還引來黑道子彈恐嚇。
被告一共197人，包括20名高階警官，但更二審、更三審大逆轉，警官都獲判無罪，周人蔘行賄部分，則改判8年6個月，等了10年終於等到無罪判決，被告之一的警官馬振華，去年回任警政署，和他一樣復職的警官不少，但早已不復以往的意氣風發。
另一起重大案件，羅福助涉嫌超貸，侯寬仁列舉12項罪證，起訴求處30年重刑，但法官認定有嚴重落差，一審判刑4年，二審3年9個月，這也是為什麼，侯寬仁辦案評價，出現兩極化，他認真、嚴厲，但定罪率跌破眾人眼鏡；侯寬仁的嫉惡如仇，有人說是司法正義，但也出現不少爭議。
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