颱風鳳凰重創花蓮明利村與宜蘭地區，造成嚴重淹水災情，引發政治人物激烈討論。國民黨立委葉元之在立法院質詢時，針對水利署長林元鵬為花蓮明利村淹水道歉一事，與行政院政務委員陳金德發生激烈爭辯。陳金德表示，只要有一戶淹水，水利署長就應該道歉。此外，宜蘭地區也遭受嚴重淹水，國軍救災車輛不慎壓毀民車，國防部長顧立雄承諾會對受損車輛進行適當賠償，不會讓官兵承擔責任。
國民黨立委葉元之在13日的立法院質詢中，關心花蓮明利村淹水問題，並詢問水利署長林元鵬道歉的原因。葉元之表示，水利署長的道歉一定與地形有關，並質疑陳金德的態度。陳金德則回應表示，水利署長道歉是因為「他是主管機關」，強調「淹到一戶他就要道歉，淹到兩戶他就要道歉」，並非因為做或未做某事，而是只要有淹水就必須道歉。
在花蓮馬太鞍溪溪水暴漲導致上游的萬榮鄉明利村大淹水後，水利署長林元鵬曾鞠躬道歉。明利村村長林萬成痛斥，他早已向水利署提出要保護堤防尾端破口的問題，也曾向季連成將軍和中央反應，但都沒有任何動作。此次淹水災情影響了31戶住家，陳金德坦言，只要一戶有影響就必須道歉，但根本問題仍在於堤防有問題。
除了花蓮地區，鳳凰颱風也重創宜蘭，造成五結鄉電線桿被淹一半，馬路和農田完全被淹沒，變成汪洋一片。國民黨立委吳宗憲痛斥中央對宜蘭有差別待遇，要求比照之前台南淹水時的做法，當時賴清德多次率部會首長前往勘災，並主動提供幫助和補助。
在搶時間救災過程中，國軍出動AAV-7兩棲突擊車，卻意外輾壞宜蘭兩輛民車。對此，行政院長卓榮泰表示，他和顧部長一人賠一輛都沒問題。國防部長顧立雄也承諾，不會讓官兵承擔任何責任，會請相關單位對受損的車輛做適當的補償或賠償。
