美國拉高層級反對台灣入聯公投，府院黨第一時間就全盤掌握，陳水扁總統強調，台灣絕對沒有挑釁的意思，真正挑釁的是對岸中國大陸；只是藍軍卻不是這樣解讀，認為美國政府出面反對入聯公投，代表台美關係已經降到了冰點。
當萊斯發言完畢，府院黨口徑一致，強調台灣為了入聯辦公投，美國反對也沒有用。總統陳水扁：「絕對沒有挑釁政策，只有尊重民意的政策，只有依法行政的政策。」
副總統呂秀蓮：「這是意料中的事嘛，中共想要美國和他一起發發聲。」
雖然美國拉高層級，由國務卿出馬反對入聯，但是總統副總統也信心喊話，強調台灣自主不受影響，總統府更透露，即使未來是美國總統布希站出來反對，也改變不了台灣辦公投的決心。
國民黨總統參選人馬英九：「如果是因為美方覺得我們辦公投，是挑釁的話，對台灣未來的安全，相對來講是比較不利的。」記者：「總統這樣的發言，會不會讓台美關係，降到一個冰點？」馬英九：「也許還沒有到冰點，但已經朝這個方向前進了。」
藍軍看壞近期的台美關係，但是行政部門也還是做了最大努力，由外交部長黃志芳親自到美國溝通，只是效果非常有限。外交部長黃志芳：「請美國官員要相信台灣人民的智慧，我也希望美方在這些問題上，也要傾聽台灣人民的心聲，多了解台灣的現況，不希望美方過度反應。」
了解內情的人士透露，美國方面在這時候拉高反對入聯層級，目的是希望陳總統在接下來元旦文告中，不要再有試探美國底線的言論，只是要拉抬民進黨選情，陳總統還在拿捏發言尺度。
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