馬英九特別費案二審獲判無罪，外界難免聯想，這起判例是否將有利於吳淑珍？雖然法官曾表明，國務費性質應視同特別費，是總統的實質補貼，但兩案不同的是，國務費案中檢方只查發票核銷部分，而特別費案中的余文，就是因為拿假發票核銷，才會被判有罪，以此推論，吳淑珍想脫罪，恐怕不容易。
可能是看著馬英九，很難不聯想到陳總統，記者會上，外國媒體拋出了這個問題。路透社記者：「你如果有機會選上總統，你要把國務機要費怎麼運用？」國民黨總統參選人馬英九：「國務機要費的使用方法，會計部門都有清楚的規定，我只要按照規定使用就好，不會有任何改變。」
語氣堅定，似乎是在提醒自己，絕不會再重蹈覆轍；但特別費案的無罪宣判，真的為國務機要費案解套了嗎？可以確定的是，法界傾向，國務費應該視同為總統的實質補貼，一半花費不需憑證，法官判決書裡也寫到。
這部分應充分信賴、授權首長運用，支領人應負「道德責任」和「政治責任」，無關刑責，所以馬英九把錢轉入私人帳戶，不代表貪污，判決無罪；反觀國務費案，陳瑞仁本來就沒追查這一半資金，而是從需要憑證的另一半中，發現吳淑珍涉嫌以假發票浮報核銷，特別費案的余文就是因此判刑1年，以此推論，陳水扁夫婦，不見得能脫罪。
高檢署發言人張文政(95.11.3)：「檢察官已經認定，陳總統涉嫌貪污罪嫌，但這部分受憲法52條保障。」
無論國務費還是特別費，只要「蒐集發票」就可能有罪，很明顯的，院檢的共識，已逐漸形成，但國務費案從10月5日就凍結審理，結局仍遙遙無期。
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