花蓮堰塞湖災情進入第五天，中央與地方救災指揮系統出現整合問題，引發民眾不滿。行政院長卓榮泰表示「我們都是花蓮人」，並宣布行政院前進協調所已媒合700個房間供災民入住。然而，花蓮縣政府也在距離僅300公尺處設立前進指揮所，導致救災資源分配不均。災民在社群媒體抱怨物資雖充足但分配混亂，甚至需自行聯繫民間團體尋求援助。此外，從600人到8000人的撤離人數差異，也引發外界質疑撤離計畫的可行性。
行政院長卓榮泰在活動上強調全國人民應與花蓮同心，表示現階段最需要的是全體國人更加團結與互信，但他也感嘆一句話或一個畫面常被無謂地擴大解釋。卓榮泰同時宣布行政院在花蓮設置的前進協調所已準備700間房間可供入住，為災民提供安置場所。然而，救災工作卻呈現「雙頭馬車」現象。行政院前進協調所設在花蓮糖廠，而花蓮縣政府的前進指揮所也設在同一地點的另一棟建築，兩者相距僅300公尺。當記者詢問中央與地方各自成立指揮所的考量時，卓榮泰未直接回應。
這種協調不足的情況已非首次發生，兩天前總統賴清德到花蓮勘災時，還需特別打電話給就在隔壁的花蓮縣長徐榛蔚，顯示中央與地方溝通不足的問題。
災民在社群媒體發文抱怨，物資雖然充足但分配不均，有些災民甚至需自行聯繫民間團體詢問是否還有便當可提供。農業部長陳駿季表示，當民眾有任何需求或需要協助時，中央和地方會一起努力。花蓮縣政府行政暨研考處長陳建村也承諾會與中央在物資方面加強溝通聯繫。
關於撤離人數從600人急增至8000人，外界質疑在不到30小時內無法完成如此大規模的撤離行動。陳駿季指出，根據災防法，疏散工作是由縣市政府負責。陳建村則表示，目前以救災和協助鄉親家園復原為最優先事項，相關調查與紀錄工作會同步進行。
