颱風丹娜絲重創台南，引發國軍救災權限爭議。賴總統日前勘災時，面對災民請求國軍協助清運毀壞物件，回應稱「法律規定國軍不能進入民房」，引發討論。然而，實際上法規並無明確禁止，民進黨立委沈伯洋表示，國軍進入民宅主要需要簽署同意書，但仍有例外情況。過去也有國軍協助民眾清理家園的先例，如基隆豪雨後國軍進入民宅清淤，顯示在緊急情況下，國軍確實可以在適當條件下協助民眾。
賴總統勘災期間，面對台南七股居民請求派遣更多國軍弟兄協助清理家具、車子和家電等泡水物品時，回應表示「另外法律規定，國軍是不能進入民房，救災也是國軍的任務之一，但不能進去民房私人財產」。賴總統同時提醒民眾不要什麼事情都依賴國軍，特別是在漢光演習期間，國軍可能沒有足夠人力支援。
國民黨立委吳宗憲對此提出質疑，翻出賴總統過去擔任台南市長時，曾要求國軍派兵力協助清理工作，以及2018年擔任行政院長時感謝國軍投入救災的紀錄。吳宗憲強調，總統應該愛民如子，為災民生活著想。
實際上，依照國軍災害防救法規定，地方縣市可向國防部提出申請，在重大災害時，國軍應主動派兵力協助，前提是不影響國軍戰備及不逾越國軍支援能力範圍。國防立委沈伯洋解釋，指揮官可根據當地情勢做出變更，「最主要其實是同意書，因為進入民宅最主要是要經過屋主的同意，所以在這個狀況下，還是會有一些例外」。
過去確實有國軍進入民宅協助救災的先例。去年基隆市遭遇豪雨侵襲，民宅後方土石灌進住家，國軍弟兄進入民宅搬運樹枝，甚至用臉盆清除厚厚淤泥。然而，國軍進入民房救災仍需謹慎，以避免發生財產受損爭議，造成好心卻引發法律問題的情況。
