立法院日前通過反廢死、核三重啟兩項公投案，並送交中選會辦理。中選會昨舉行委員會決議，反廢死案因不符合《公投法》所規範的重大政策創制或複決，無法辦理投票。東吳大學政治系教授蘇子喬認為，中選會以《中央選舉委員會組織法》否決掉公投，他看過《中選會組織法》並沒有明確指出中選會有准駁權力，「中選會的說法還是有點牽強」。此舉讓人對於中選會的獨立性，打上問號。
中選會說明，依據《中央選舉委員會組織法》、 《公民投票法》等法律規定，對於立法院依公民投票法所提出之公民投票案提案具有審議權限。從組織法上而言，中選會為獨立機關依法獨立行使職權，且該會組織法第6條規定，公民投票公告事項之審議應經該會委員會決議；從任務與權限而言，中選會須依法處理公民投票案，而公民投票法則是立法院通過施行之法律，立法院決議交由中選會辦理之公民投票案，仍應符合公民投票法第15條第2項規定。
對於反廢死公投遭到駁回，提案的國民黨委吳宗憲認為中選會踐踏民意，按照中選會的邏輯，死刑是否一致決，並非重大政策，而是立法原則，不就擺明了「承認」113憲判8的大法官，就是「僭越」立法權，大法官明明在解釋憲法，卻恣意立法，擺明了違反權力分立，濫權創設立法原則？國民黨立法院黨團書記長王鴻薇也說，中選會對於立法院通過的公投案並沒有審查的權利，中選會凌駕8成民意，封殺反廢死的公投，尤其中選會主委李進勇是不是打臉總統賴清德？因為賴清德一直說重大的公共政策應該用更大的民主來決定。
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蘇子喬認為，立法院提出反廢死公投本身是有爭議，主文「您是否同意『各級法院合議庭法官判處死刑不須一致決』之政策？」邏輯上確實有疑義，合乎邏輯的問法，應該是「您是否同意取消『各級法院合議庭法官判處死刑須一致決』之政策」。但這是否屬於重大政策上創制跟複決，一般談政策，是作為行政部門的政策，該公投法要推翻的是憲法法庭判決，憲法法庭判決有憲法效力，能被公投推翻嗎？確實有很大爭議。
蘇子喬進一步指出，依照公投法規定，中選會可以初步對人民所提公投案做審查，這很明確。由立法院所提起公投，這是有史以來頭一遭，關於立法院、行政院、總統所提的公投案，根據《公投法》規定，確實沒看到中選會對於立法院公投案有任何審查規定。
依據中選會所言，中央選舉委員會組織法第2條及第6條規定，中選會掌理公民投票事務之辦理，各項公民投票公告事項之審議，應經中選會委員會議之決議，中選會依據中央行政機關組織基準法、行政院組織法及本會組織法為獨立機關，依法獨立行使職權。蘇子喬指出，中選會以《中選會組織法》否決，但他認為法律上並沒有明確指出中選會有准駁權力，中選會這樣的說法還是有點牽強。而中選會理當作為獨立機關，不是應該避免蹚政治渾水，避免政治爭議，此舉讓人對於中選會的獨立性，打上問號。
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蘇子喬分析，在野黨推動公投本身就是一種政治動員，朝野對立明顯，中選會這樣決定，讓人覺得有特定立場。對於比較政治性決議，中選會是否應該配合辦理，還是要介入對公投表達特定看法，主張自己有否決權力，確實有點兩難。
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