網路媒體7日報導指，賴清德總統屢觸碰敏感議題讓日方頭大，還有前年日本前首相安倍晉三遇刺，賴清德到日本的奔喪行程有臨時要求等，導致日本外務省文官體系對賴總統心有餘悸。對此，總統府發言人郭雅慧駁斥，表示相關報導與事實狀況不符，內容所稱「突發」行程更是憑空臆測，強調賴總統是以至親摯友身分獲邀專車直入會場，只要參考當時國內外媒體報導，即可了解相關行程均經過台日雙方審慎安排，並不存在突發等狀況。
根據《上報》報導，總統賴清德對日本有深厚情感，但從賴當選總統前，以副總統身份赴日向遇刺身亡的前首相安倍晉三奔喪行程，不過考量到安倍家族期盼壓力，日本政府還是放行，怎知賴清德抵日後，卻臨時要求出席中國駐日大使也會出席的追悼活動，讓日本非常頭大。
此外，去年總統大選期間，賴清德出席研討會卻公開倡議台日應建立軍事對話機制，根據《上報》報導，這番言論觸動日本敏感神經，畢竟日本在二戰後的憲法，只有自衛隊，不能有軍隊，賴公開喊軍事對話，另日方困擾。賴清德連續的作為，都出現處理手段過激的狀況，讓向來保守、傳統的日本文官系統「心有餘悸」，對賴並非完全放心。
對此，總統府發言人郭雅慧指出，日本首相岸田文雄日前於社群回覆賴總統表示，「對日本來說，台灣是共享自由、民主、人權、法治等基本價值的極為重要的夥伴，也是重要友人。相信日台間的Kizuna-心靈連結，今後也會繼續深化」，且賴總統上任迄今，不分政黨的日本友人與訪團頻繁會面，台日友好不言可喻。
郭雅慧表示，赴日奔喪行程為「突發」行程更是憑空臆測，強調賴總統是以至親摯友身分獲邀專車直入會場，只要參考當時國內外媒體報導，即可了解相關行程均經過台日雙方審慎安排，並不存在突發等狀況。
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