林益世坦承收賄，案子還在偵辦也還沒判刑，但是國民黨考紀會以林益世涉及貪瀆，情節重大，決定立刻將他開除黨籍。而在林益世坦承收賄、遭到收押後，馬總統的清廉形象也等於受到重重打擊，今天馬總統第2度公開道歉，並強調決定任用林益世，是總統和行政院長的共同決定，所以執政團隊包括總統府和行政院，以及總統本人都要一起承擔。
記者：「總統，林益世是不是說被王金平誣陷？」總統馬英九：「…。」
記者會這麼問總統，是外傳林益世在收賄消息曝光前1天，刻意在黨內會議後跟總統咬耳朵，說這一切都是王金平背後操作，要讓馬總統難堪，利用馬王間的矛盾保官位。時為總統候選人馬英九(2007.12.30)：「林益世，當選。」
2007年底，當時的總統候選人馬英九和王金平，一起站在林益世的左右兩邊，幫忙抬轎輔選。馬英九(2007.12.30)：「院長出馬，一定馬到成功。」立法院長王金平：「馬已經到了，所以已經成功。」
互相吹捧，給足林益世面子，因為林益世是高雄紅派大老林仙保的兒子，家族掌控水利系統，被視為紅派未來10年的指標人物，但王金平卻是白派的領導人，掌控農會體系，和紅派各擁山頭，外傳馬總統重用林益世，就是為了牽制王金平。馬英九(2007.12.30)：「林益世是非選上不可。」
馬王難得合體，拉抬了選情，加上林益世宣傳車上，高掛「不收紅包、清廉參選」的布條，讓他成功連任。馬英九(2012.7.2)：「我感到非常遺憾與抱歉。」
林益世遭聲押，總統說抱歉，林益世收押之後，總統府發出新聞稿，強調總統第一時間說的抱歉，就是向全國人民鄭重道歉，要執政團隊記取教訓，未來在用人時會更加謹慎，同時強調執政團隊，當然包括總統府和行政院，總統也是其中成員，總統和行政院長長共同決定任用林益世，執政團隊就會一起承擔。
不過國民黨中央沒有依照黨章規定，一審判決才召開考紀會，已經以涉案情節重大，搶先開除林益世黨籍，畢竟誰也沒想到，曾經掛上「不收紅包」的林益世，當選後不只收紅包，還要紅包。
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