國防安全研究院的國安所所長近期上網路節目，公開表示若總統大選，賴清德單獨對上郭台銘或侯友宜，「勝算較高」。此話一出，引發爭議，因為國防院支用國防部預算進行研究，所長卻公開評論選舉，國防部則表示，已與國防院溝通，未來將避免此種情況發生。
任職於公家智庫近期卻捲入爭議，因為沈明室上網路節目公開表態認為，賴清德的勝算比郭台銘和侯友宜高！還原對話，主持人問他，賴可能代表民進黨角逐2024，會遇到什麼最強勁的對手，沈明室說賴清德若單獨針對郭或侯，有勝選可能，勝算較高，更解釋賴的行政經驗非常豐富，沒有看到郭董有關國家治理的理念，至於侯主要是地方執政，到時候總統辯論，賴的口才或對國政熟悉程度，馬上就高下立判。
國民黨立委馬文君：「身為這樣子的一個單位，其實他的立場中立是非常重要的，你要非常客觀的分析，但不是用來選舉，因為你要報恩也不是這樣的方式。」
民進黨立委趙天麟：「軍隊國家化的意義就是，不分哪一個黨執政，都必須嚴守行政中立，當然那是一個政治評論，但這樣的政治評論，在一個公開的頻道上面，當然還是不宜。」
藍綠都認為不妥，因為國防院用的可是國防部預算，去年曾被立院詬病，收入來源高度仰賴政府捐助，以及國內旅費增幅頗高。
時任國防院董事長馮世寬(2018/5)：「自105年我就任國防部長不久，總統就指示我研究成立，國家級的國防研究院。」
國防院首任董事長為馮世寬，2018年5月正式揭牌，地址用國防部忠愛營區，翻開組織架構旗下有4所研究所，上校退役的沈明室，有國防大學政治學博士學歷，就是國安所的所長，董事會成員更包括現任的國安軍事外交高層，對於言論爭議沈明室表示沒有評論，國防部強調已與國防院溝通向各研究員宣達，未來將避免此種情況發生，畢竟公家的軍方智庫涉黨政確實不宜。
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