證所稅到底要怎麼徵，在財政部長劉憶如請辭後，依舊沒共識，行政院長陳冲5月31日晚間，邀請黨團幹部與財政委員，協調溝通，終於有了整合版出爐，除了雙軌制實施時間和課徵對象更明確外，大股東跟淨所得超過500萬的投資人，也不能選擇設算所得課徵，目的就是要落實量能課稅。
記者：「(院長)會有最後版本嗎？」行政院長陳冲：「…。」
財政部長確定換人，證所稅要怎麼課還是難產，行政院長陳冲邀黨籍財委會委員餐敘，面對面好好聊一聊。立委吳育昇：「應該把它稱之為行政院及國民黨立法院，整合的共識版。」
一吃2個多小時，好消息是，結果大家很滿意，尤其原本最擔心出現漏洞的雙軌制，也找到共識。立委賴士葆：「雙軌制是有落日的，有日落有日出，什麼叫日落，就從明年102年開始，一直到105年，總共4年的時間，106年就是設算制這個軌，就落日了，然後通通回到單軌制。」
除了把雙軌制訂出明確時間外，3%的大股東以及淨所得超過500萬的投資人，都不能選擇設算所得課徵，目的就是要落實量能課稅精神。立委曾巨威：「課徵的對象大概是在2萬人左右，所以社會各界，一般所謂的散戶大眾，其實也不需要有任何的擔心。」
相較原先版本，課徵人數改變不大，證所稅改革，馬政府鐵了心非做不可，府院連夜協調整合版，總統、行政院長接力溝通協調，趕在6月4日送進立院審查，撫平外界疑慮前，先確保自家人全力相挺。
