特偵組下午起訴扁案，其中在國務機要費的部分，當時檢察官陳瑞仁只針對國務機要費中，發票核銷的部分進行調查，認定吳淑珍涉嫌詐領1480萬；這回特偵組將發票和領據核銷的部分逐一清查，發現陳水扁、吳淑珍、馬永成等人，涉嫌虛構機密外交，偽造假名冊，一共詐領國務費1億415萬。
當時陳瑞仁偵辦國務機要費時，只針對發票核銷的部分，進行調查；發現吳淑珍利用陳前總統請領國務機要費的機會，從91年7月起開始蒐集發票，但發票中有她本人和第一家庭成員的刷卡消費。
93年7月，買了一顆卡蒂亞32萬元的鑽戒，用的是國務機要費；92年，又買了TIFFANY鑽戒，一顆132萬，其中27萬是使用SOGO禮券，通通拿來報國務機要費，吳淑珍涉嫌詐領1480萬。
這回特偵組把國務機要費中，領據核銷的部分，也列為偵辦的重點；從89年開始，吳淑珍指示陳鎮慧，將5千多萬的機密費，分批匯入吳景茂的人頭戶，同時還發現馬永成、林德訓，涉嫌偽造假名冊，虛構機密外交經費，詐領國務機要費一共1億4百多萬。
因此檢方認為，這是國庫通家庫，貪污的最好證明；原本陳瑞仁起訴陳水扁、吳淑珍、馬永成，以及陳鎮慧等4人時，其中林德訓和陳鎮慧，請求緩刑，不過特偵組在偵辦後，認為馬永成、林德訓、陳鎮慧等人，涉嫌詐領國務機要費。
綜合所有單據和人證，陳水扁和吳淑珍等人，等於是拿國家的錢私自花用，遭到檢方以貪污和偽造文書等罪嫌起訴。
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