馬總統說達賴此時不宜來台，主管相關事務的陸委會主委賴幸媛被立委質詢時，卻說不知情，看了報紙才知道，引來立委冷潮熱諷，也突顯出馬總統上任後，在兩岸事務方面，偏愛自己做決策，卻又太少和所屬部會事前溝通，形成上下步調，往往難以一致的現象。
總統馬英九(2008.12.03)：「這個時機點(達賴來訪)還不適宜。」
脫口就丟出這麼一個爆炸性議題，達賴到底為什麼不能來？首當其衝，被釘的滿頭包的，不是總統，而是他所任命的陸委會主委賴幸媛。
陸委會主委賴幸媛：「今天報紙出來我才知道，有這樣一個事情。」立委朱鳳芝：「可是達賴說要訪台不是今天。」賴幸媛：「我對這個議題沒那麼清楚。」朱鳳芝：「任何問題不是等到見報、見媒體後，才去因應。」
立委邱議瑩：「你完全不關心、不在乎、不緊張你的恩公馬英九，會講些什麼。」賴幸媛：「我事先不知道(馬總統)上廣播，昨天一直都是在這邊備詢。」
立委紀國棟：「我覺得讓總統大剌剌站上火線，來講這些話，說實在有傷。」
藍營立委護馬心切，認為陸委會和蒙藏委員會，應該為總統擋子彈，只是總統連上個電台發表兩岸政策重要談話，都沒透過幕僚通知，底下的執行單位，只能大嘆無奈。陸委會主委賴幸媛：「這是由高層拍板定案的。」
沒有實質決定權，總統談兩岸議題內容，陸委會又鮮少事先被告知，賴幸媛總是只能被總統丟出的議題追著跑，還被外界定位狀況外，兩岸政策，馬總統愛跳過陸委會自己講的習慣，讓賴主委如坐針氈。
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